中国科学院水生生物研究所是中国唯一专门从事内陆水体生物学综合研究的科研机构。其战略定位和发展目标是针对日趋恶化的水生态环境，开展水生态环境保护和水生生物资源可持续利用研究，为维护和改善内陆水体的生态环境、保护淡水资源、发展淡水渔业提供理论依据和技术支撑。同时瞄准国家需求，结合科学发展目标，坚持基础性、前瞻性、战略性原则，全面增强研究所的科技创新能力，争取在5－10年内把水生生物研究所建设成为按照现代科研机构管理模式高效运行的、开放的、具有国际水平的国家级水生生物学知识创新中心。同时通过人员的不断更新，进一步凝聚科技精英，形成代表国家最高水平的、在国际上有重要地位的科学家群体，成为水生生物学领域高级科技创新人才培养基地。
中国科学院水生生物研究所的前身是1930年1月在南京成立的中央研究院自然历史博物馆，1934年改名为中央研究院动植物研究所。抗日战争爆发后，先后迁至湖南南岳、广西阳朔、四川北碚。1944年分为动物、植物两个研究所。抗战胜利后，动物所由北碚迁至上海。新中国成立后，中国科学院将前中央研究院动物研究所的主体、部分植物所的研究人员及北平研究院的部分研究人员合并，于1950年组成中国科学院水生生物研究所，所址设在上海，1954年迁至武汉。水生所先后拥有8位中国科学院院士。全所现有研究人员135人，其中有中国科学院院士5人，973首席科学家1人，国家杰出青年基金获得者7人，中国科学院百人计划引进人才？人，国家级有突出贡献的中青年科学家？人，高级研究人员83人；在学研究生、博士后以及高访学者250余人。
近年来，水生所在淡水生态学研究方向，在湖泊蓝藻水华控制、蓝藻的生物学以及藻毒素、湖泊渔业放养模式与结构调整、鱼类生物能量学与营养学、淡水生态系统研究等方面都取得了突出的研究成绩，发展了我国的淡水生态学理论并付诸湖泊渔业实践；在生物多样性与资源保护方向，在珍稀濒危动物（如白鱀豚、中华鲟）的保护生物学、重要生物类群的分类与进化、生物地理学以及一些生物资源的开发利用等方面取得了令国内外同行瞩目的成绩；在渔业生物技术方向，在鱼类遗传育种、藻类功能基因组以及鱼类病害方面做出了国内领先、国际上有重要影响的成绩。在水环境工程方向，在利用湿地生态系统进行污水处理、二恶英的检测与迁移、水体与底泥的污染物交换等方面取得了丰硕成果，为水环境保护做出了重要贡献。
国际交流 水生所与国外的学术交流十分频繁。80年代以来，先后派出科技人员257人到16个国家和2个地区进修、考察和访问。接待了来自近40个国家的专家543人次进行学术交流和国际合作研究。这几年，我所的国际学术交流活动显著增多，每年通过各种渠道派出的访问、进修学者和参加国际会议的科研人员达40－50人次以上，每年国外科学家来所访问者达70人左右。先后举办等大型国际学术研讨会。
水生所拥有亚洲最大的淡水鱼类博物馆（馆藏标本40余万号，1800余种，近300个模式种），一个中国最大的淡水藻种库以及藻类、淡水无脊椎动物、鱼类寄生虫标本室和现代化的白鱀豚馆，一个图书情报与信息中心（馆藏26万余册，期刊2千多种和完善的网络信息系统），中国生物多样性内陆水体分部和中国生态系统网络水体分中心也挂靠在水生所，形成了合理的科学研究与技术支持相结合的完整体系，具有很强的科学创新的物质基础。
研究机构 水生所目前拥有四个研究中心即水生生物多样性与资源保护研究中心、淡水生态研究中心、渔业生物技术研究中心、水环境工程研究中心，一个国家重点实验室（淡水生态与生物技术国家重点实验室），一个开放台站（东湖湖泊生态系统开放试验站），一个国家工程中心（国家淡水渔业工程技术研究中心武汉中心）。
研究成果 建所72年来，水生所始终十分重视基础理论的探索、基础资料的积累。为适应国民经济发展的需要，从50年代相继在长江中下游以及全国范围开展湖泊调查；60年代起，先后以武汉东湖等典型湖泊为基地，持续进行了40年的湖泊生态学和渔业生态学研究，80年代以来，面对我国淡水资源日益紧缺的现状和大水面渔业出现的问题，我们又提出大水面渔业必须以保护水质为前提，把湖泊生态环境优化作为大水面渔业的主要研究内容和首要的追求目标等。在80年代揭示出银鲫天然雌核发育和异精效应现象；在世界上首次培育出转基因鱼，完成国内第一例克隆脊柱动物，世界上唯一人工饲养的水生哺乳动物白鱀豚已健康生活21年之久；培育出的养殖鱼类新品种异育银鲫、全雌鲤、高体形异育银鲫等在全国近30个省市区推广；藻类在外层空间环境的适应与功能研究项目曾5次成功搭载我国返地式卫星遨游太空；污水处理技术已在我国南方很多地区得到推广应用。在淡水生态、水生生物多样性与资源保护、渔业生物技术和水环境工程研共取得科研成果近600项，其中有160多项荣获国家、省部级等奖励。编著出版了《中国鲤科鱼类志》、《中国鞘藻目专志》、《中国淡水鱼类养殖学》、《东湖生态学研究》等专著78部，发表科学论文近2000篇。
人才培养 中国科学院水生生物研究所是我国首批具有博士、硕士学位授予权的单位，并有研究员任职资格和博士生导师审定权；有权授予在职人员硕士学位，经报批可授予在职人员博士学位。设有生物学博士后流动站。现设有水生生物学、遗传学专业、环境科学三个博士点和水生生物学、遗传学、环境科学、动物学四个硕士点。从1978年我国恢复研究生招生制度，水生所已招收培养研究生518名，其中博士生204名，硕士生314名，为我国现代化建设培养了一批品学兼优的高级人才。
挂靠部门
中国动物学会、海洋湖沼学会鱼类学分会
中国动物学会原生动物学分会
中国水产学会鱼病研究会
中国环境科学学会环境生物学专业委员会
湖北省海洋湖沼学会
湖北省动物学会
武汉市动物学会
国际鲍鱼协会
