巴帕洛阿潘河位于墨西哥东南部的韦拉克鲁斯州，由发源于东马德雷山脉的3条源河-圣多明各(Santo Domingo)河、奇奇卡蒂亚帕(Chichicatiapa)河和克里斯托瓦尔(Cristobal)河-在韦拉克鲁斯州与瓦哈卡州交界处汇合而成。干流先向东北流动，在阿尔瓦拉多东南16km处汇入阿尔瓦拉多泄湖，最后注入坎佩切湾(见巴帕洛阿潘河流域水系示意图)。干流全长122km，若以主要源河圣多明各河算起，河流全长538km，流域面积4.65万km2，多年平均流量1300m3/s，多年平均径流量411亿m3。流域大致位于西经94°52′～97°27′，北纬17°03′～18°42′之间。
圣多明各河是巴帕洛阿潘的主要源河，发源于普埃布位州东部特瓦坎市东北15km处，河流先向东北流，然后转向东流，先后接纳基奥特佩克(Quiotepec)河、格兰德(Grand)河等支流，最后在韦拉克鲁斯州与瓦哈卡州边境奥塔蒂特兰附近与另外两条源河相汇。
奇奇卡蒂亚帕河是巴帕洛阿潘河另一条重要源河，发源于韦拉克鲁斯州奥里萨巴市东南30km处，河流向东南流，成为韦拉克鲁斯州与瓦哈卡州的边界，先后接纳通托(Tonto)河等支流后，最后才与另两条源河相汇。
巴帕洛阿潘河中下游还有普拉亚维森特(Playa Vicente)河、特立尼达(Trinidad)河等支流汇入，其中普拉亚维森特河上游名叫卡霍内斯(Cajones)河，发源于瓦哈卡市以东40km附近，河流由南向东北流；特立尼达河发源于瓦哈卡市东南部100km处，源河名叫普克斯梅塔桑(Puxmetacan)河，河流先向东北流，然后转向西北流，接纳拉纳(Lana)河等支流，最后在塔拉科塔尔潘附近汇入巴帕洛阿潘河。
由于受墨西哥旋风的影响，巴帕洛阿潘河流域在建阿莱曼总统(Presidente Alemen)坝之前，几乎每年都有洪水泛滥，以1944年最为严重。因此，墨西哥政府于1947年4月设立巴帕洛阿潘河委员会，研究防洪问题。1954年首先在主要支流通托河上建成阿莱曼总统坝，该坝为土坝，最大坝高76m，水库库容65.15亿m3。工程以防洪为主，兼顾发电、灌溉、航运和拦沙。
由于巴帕洛阿潘河流域地势低平，落差不大，未进行大规模开发，除阿莱曼总统坝外，在主要源河圣多明各河上建有塞罗德奥罗(Cerro De Oro)坝，该坝为心墙土坝，最大坝高70m，坝顶长1670m，水库库容53.8亿m3，电站总装机36万kW，工程于1991年建成发电。
