伊塔佩库鲁河发源于巴西马拉尼昂州内格拉山(Negra，海拔640m)以东约50km处，河流先向东流，在科利纳斯(Colinas)附近折向东北至卡希亚斯(Caxias)，然后向北流，在罗萨里奥附近注入大西洋圣马科斯湾，见伊塔佩库鲁河流域水系示意图。流域位于南纬3°02′～6°50′，西经43°07′～45°53′之间。该河全长1200km，流域面积4.5万km2。
伊塔佩库鲁河的主要支流有：阿尔佩卡塔斯(Alpercatas)河、巴尔塞罗斯(Balseiros)河和塔普伊奥(Tapuio)河等。
伊塔佩库鲁河流域地势南高北低，源头河流及上游干、支流的海拔在200～500m之间，中、下游干、支流海拔多在200m以下。
