台湾总督府是日治时期台湾的最高统治机关，其首长是台湾总督。台湾总督府的办公处所位于今日凯达格兰大道上，即现在的台湾总统府。
台湾总督府组织特色
总督府的组织特色为『总督专制』，身为总督府主官的台湾总督，总揽行政、立法、司法等大权，形成总督专制的政体。
不管1896年发布的六三法及後来1906年三一法或1921年法三号，日本帝国台湾地方政体皆采委任立法制度，总督府为当然中央机关。而一般政策形成过程，通常是由总督府内的技术官僚制定法律政策后即授权台湾总督以『总督府令』命其中央机关、所辖官署或地方政府执行政策。
也因此，总督府辖下机关，尤其是地方行政机关的政策实行深具人治色彩，所有行政官员皆只以执行法律及管理行政为主要事务，各级地方行政机关缺乏自主。
另外，地方行政基层系以警察为中心。除了一般治安维护业务外，举凡政治思想、结婚、生子户口管理，还有鸦片管理、公共卫生、收税、物资分配、土地调查等等，统统都是警察的业务。
沿革
台湾总督府成立初，设民政、陆军、海军三局。民政局下置内务、殖产、财务、学务四部。（在乙未战争期间，曾短暂命高岛丙之助为副总督一职，他也是50年日治时期唯一的副总督。）1896年，陆海军两局合并为军务。民政局则在原本组织下增设总务、法务、通信共七局。经历1898年、1901年、1919年三次修订总督府官制後，就成形不再变更。而不管怎样变动，约略来说，日治时期台湾总督府的行政组织分为中央行政、所辖官署与地方行政三大部门。
日治时期驻台湾总督
总督 任期 出身地 军阶／政党 到任 生卒年
初期武官总督时代
桦山 资纪（Kabayama Sukenori） 1895/05/10 - 1896/06 鹿儿岛 海军大将 58岁 1837 - 1933
桂 太郎（Katsura Taro） 1896/06/02 - 1896/10 山口 陆军中将 49岁 1848/11 - 1913/01
乃木 希典（Nogi Maresuke） 1896/10/14 - 1898/02 山口 陆军中将 47岁 1849/11 - 1912/09
儿玉 源太郎（Kodama Kentarou） 1898/02/26 - 1906/04 山口 陆军中将 47岁 1852/02 - 1906/07
佐久间 左马太（Sakuma Samata） 1906/04/11 - 1915/04 山口 陆军大将 62岁 1844 - 1915
安东 贞美（Ando Teibi） 1915/05/01 - 1918/06 长野 陆军大将 62岁 1853 - 1932
明石 元二郎（Akaishi Motojiro） 1918/06/06 - 1919/10 福冈 陆军中将 55岁 1864 - 1919/10/26
文官总督时代
田 健治郎（Den Kenjiro） 1919/10/29 - 1923/09 兵库 政友会 65岁 1855 - 1930
内田 嘉吉（Uchida Kaki） 1923/09/06 - 1924/09 东京 政友会 58岁 1866 - 1933
伊沢 多喜男（Izawa Takio） 1924/09/01 - 1926/07 长野 宪政会 56岁 1869 - 1949
上山 满之进（Kamiyama Mitsunoshin） 1926/07/16 - 1928/06 山口 宪政会 58岁 1869 - 1938
川村 竹治（Kawamura Takeji） 1928/06/15 - 1929/07 秋田 政友会 58岁 1871 - 1955
石冢 英藏（Yishiduka Eizou） 1929/07/30 - 1931/01 福岛 民政党 64岁 1866 - 1942
太田 政弘（Ota Masahiro） 1931/01/16 - 1932/03 山形 民政党 61岁 1871 - 1951
南 弘（Minami Hiroshi） 1932/03/02 - 1932/05 富山 政友会 64岁 1869 - 1946
中川 健藏（Nakagawa Kenzo） 1932/05/27 - 1936/09 新潟 民政党 58岁 1875 - 1944
后期武官总督时代
小林 跻造（Kobayashi Seizo） 1936/09/02 - 1940/11 广岛 预役海军大将 86岁 1877 - 1962
长谷川 清（Hasegawa Kiyoshi） 1940/11/27 - 1944/12 福井 海军大将 57岁 1883 - 1970
安藤 利吉（Ando Rikichi） 1944/12/30 - 1945/10 宫城 陆军大将 60岁 1884 - 1946/04/19