等位基因频率是群体遗传学的术语，用来显示一个种群中基因的多样性，或者说是基因库的丰富程度。等位基因频率的定义如下：
如果 1）一个染色体中存在某特定基因座，2）该基因座上有一个基因，３）一个种群中的每一个个体的体细胞都有n个该特定基因座（例如二倍体生物的细胞中有两个该特定基因座），４）该基因有等位基因或变种；那么等位基因频率为一等位基因在这个种群中所有该等位基因所在的特定基因座中所占的百分比。
举例来说，如果在某种群中一个等位基因的基因频率为２０％，那么在种群的所有成员中，１／５的染色体带有那个等位基因，而其他４／５的染色体带有该等位基因的其他对应变种－－可以是一种也可以是很多种。
值得注意的是在二倍体基因中，带有该等位基因的个体最多可能有２／５。如果等位基因随机分布的话，那么可以用二项式定理来计算：种群中32%的个体会是该等位基因的杂合体（带有一个该等位基因和另一个变种）, 4%的个体为该等位基因的纯合体（带有两个该等位基因）。所以加起来就有36%的个体带有该等位基因。然而，等位基因的随机分布是在选择不参与和其他前提下成立的。当这些前提成立时，一个种群的状态被称为哈蒂－温伯格平衡（en:Hardy-Weinberg principle) 。
一个基因中所有等位基因的频率可以被绘制为等位基因分布柱状图。群体遗传学研究的内容包括影响等位基因频率的因素－换句话说，进化。除了自然和人工选择外，这些因素还包括遗传漂变、突变和迁移。
