Windows运作机制的核心是一个称作「动态连结」的概念。Windows提供了应用程式丰富的可呼叫函式，大多数用于实作其使用者介面和在视讯显示器上显示文字和图形。这些函式采用动态连结程式库（Dynamic Linking Library，DLL）的方式撰写。这些动态连结程式库是些具有.DLL或者有时是.EXE副档名的档案，在Windows 98中通常位于WINDOWSSYSTEM子目录中，在Windows NT中通常位于 WINNTSYSTEM和WINNTSYSTEM32子目录中。
在早期，Windows的主要部分仅通过三个动态连结程式库实作。这代表了Windows的三个主要子系统，它们被称作Kernel、User和GDI。当子系统的数目在Windows最近版本中增多时，大多数典型的Windows程式产生的函式呼叫仍对应到这三个模组之一。Kernel（日前由16位元的KRNL386.EXE和32位元的KERNEL32.DLL实现）处理所有在传统上由作业系统核心处理的事务－记忆体管理、档案I/O和多工管理。User（由16位的USER.EXE和32位的USER32.DLL实作）指使用者介面，实作所有视窗运作机制。GDI（由16位的GDI.EXE和32位的GDI32.DLL实作）是一个图形装置介面，允许程式在萤幕和印表机上显示文字和图形。
Windows 98支援应用程式可使用的上千种函式呼叫。每个函数都有一个描述名称，例如CreateWindow。该函数（如您所猜想的）为程式建立新视窗。所有应用程式可以使用的Windows函式都在表头档案里预先宣告过。
在Windows程式中，使用Windows函式的方式通常与使用如strlen等C语言程式库函式的方式相同。主要的区别在于C语言程式库函式的机械码连结到您的程式码中，而Windows函式的程式码在您程式执行档外的DLL中。
当您执行Windows程式时，它通过一个称作「动态连结」的过程与Windows相接。一个Windows的 .EXE档案中有使用到的不同动态连结程式库的参考资料，所使用的函式即在那些动态连结程式库中。当Windows程式被载入到记忆体中时，程式中的呼叫被指向DLL函式的入口。如果该DLL不在记忆体中，就把它载入到记忆体中。
当您连结Windows程式以产生一个可执行档案时，您必须连结程式开发环境提供的特定「引用程式库（import library）」。这些引用程式库包含了动态连结程式库名称和所有Windows函式呼叫的引用资讯。连结程式使用该资讯在.EXE档案中建立一个表格，在载入程式时，Windows使用它将呼叫转换为Windows函式。
