首都儿科研究所附属儿童医院是三级甲等医院、爱婴医院、北京大学教学医院、规范化服务达标医院、人民满意医院。
医院年门急诊146余万人次，编制床位400张，年住院病人1.38万余人次，年手术2780余例。
20多年来，医院不断发展壮大。近年来新建了门诊医技楼、病房楼，医院就诊环境和医疗设施得到极大改善。院内设有内科、外科、急诊科、保健科、传染科、耳鼻喉科、眼科、口腔科、皮肤科、中医科、麻醉科、检验科、放射科、药剂科等20多个临床医技科室，各科室专业齐全。全院应诊专家100余人。
医院小儿呼吸专业是北京市重点扶持学科，中华儿科呼吸学组牵头单位，市儿科呼吸道疾病诊治中心；小儿哮喘防治中心始建于八十年代中期，现居全国领先水平，牵头制定的我国儿童哮喘防治方法被列入卫生部全国“科技成果推广项目”；心血管内科先后获得部、市级科研成果一、二等奖，4次牵头制定了国内小儿病毒性心肌炎的诊断标准与治疗方法；ICU最早在国内开展了机械通气，率先采用肺表面活性物质治疗新生儿急性呼吸衰竭，抢救成功率为86.17%；新生儿内科承担国家科技部缺氧缺血性脑病攻关课题，在新生儿疾病的诊治方面积累了丰富的经验，病房每年收治近千名新生儿患者；血液科每年收治大量血液病患儿，先后开展自体与异体干细胞移植、骨髓干细胞培养，目前巨核细胞培养相关研究居国内先进水平；神经内科参与的课题“儿童失神癫痫基因研究”获中华医学成果一等奖，在癫痫儿童生活质量及心理干预的研究、小儿智力-运动发育迟缓的病因诊断等方面居国内领先地位；新生儿外科率先提出的先天性巨结肠早期诊断、早期治疗的原则得到国内同行认可，应用呼吸器和呼吸道持续正压技术对食管闭锁患儿进行围手术期呼吸管理，使存活率由30%提高到78%；外科先后开展腹腔镜手术治疗先天性胆道闭锁、肝脏肿瘤、巨结肠、肾积水、腹膜后肿物百余例，胸腔镜治疗漏斗胸、先天性膈疝、纵膈肿瘤等疾病。微创手术治疗婴幼儿消化道畸形项目获得全国首届宋庆龄医学奖。
住院部设有七个病区：重症监护病区、呼吸与消化、神经与内分泌、心脏与肾脏、血液与风湿免疫4个内科病区，以及普外与泌尿、新生儿与骨科2个外科病区，重症监护及血液病区均设有层流病房。手术室设施现代一流，设有百级和千级手术间，可同台进行6例手术。
医院拥有核磁、CT、CR、DR、彩超、动态心电、脑电、肌电检查系统、自动生化分析仪、内窥镜等多种先进的大型医疗检查、诊断设备。
为方便患儿就诊和满足个性化需求，医院分有急诊区、普通门诊区、专家门诊区、特需门诊区、小专业科室及儿童保健区域。
医院还建有“首儿网站”、热线咨询电话、残疾人就诊无障碍等便民设施。网站的“专家在线”、与“留言板”，为患儿及家长提供优质、快捷的咨询服务。
医院建筑风格与环境布置注重体现现代化儿童医院的特点，突出“以人为本”的服务理念，其新颖活泼的小动物标识系统、天真烂漫的儿童绘画、色彩各异的楼层墙面，消除了小患者对医院的恐惧，为其营造了温馨、舒适、人文的就医环境和条件。
近年来，医院不断改进医疗服务，优化就医流程，严格质量管理，规范物价标准，努力缓解患儿看病难、看病贵问题。2006年6月，顺利通过上级组织的“创建人民满意医院”检查。
