山东省农业科学院畜牧兽医研究所始建于1959年，是山东省农业科学院最早创建的研究所之一，也是山东省唯一专业从事畜牧兽医科学研究的省级科研机构。
随着近年经济、社会快速发展，为进一步满足畜牧兽医事业发展的科技需求，改善科研条件，2004年初，启动了省级重点实验室建设。2005年11月，经省科技厅、财政厅批准，将原“山东省动植物免疫与病虫害分子控制重点实验室”更名为“山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室”并通过验收，依托畜牧兽医研究所管理。
经过近半个世纪的科研实践与积累，畜牧兽医研究所已发展成为全国同类研究所中学科齐全、科技力量雄厚、科研设施先进、创新能力较强、创新水平较高、科技成果丰硕、综合实力较强、在国内具有广泛影响的省级一类科研机构，为全省乃至全国畜牧兽医事业的发展做出了突出贡献。
【机构设置】设有肉牛、奶牛、养猪、养羊、养兔、动物营养、兽医、畜产品加工8个专业研究室及科研、行政办公室；建有山东省农业高新技术示范园—畜牧示范区一处，内建有山东省良种猪繁育工程技术中心（原种猪场）、肉羊研究中心、良种奶牛扩繁场、良种兔繁育场，成为科研试验、成果转化、技术推广的现代畜牧业综合示范基地；还设有试验添加剂厂、乳产品加工厂；合资、合作组建了山东省农科苑畜牧发展中心、山东科源畜牧良种有限公司2个独立法人资格的有限责任公司。山东省畜牧兽医学会家兔专业委员会、山东省畜牧兽医学会养猪专业委员会挂靠畜牧兽医研究所。
【人才队伍】2005年底，职工总数160人，其中在职职工105人。一线科技人员中：副高级职称以上专业技术人才37人，中级24名；本科以上学历49人，其中博士2人，在读博士4人，硕士24人，研究生以上学历占从事科技活动人员总数的31%。享受国务院特殊津贴11人，山东省专业技术拔尖人才1人，兼职院士1人，山东省良种产业化首席专家3人。形成了一支以中青年高级研究人员为主体的科研团队，极大增强了科研创新能力、提升了创新水平。
【研究领域】以山东省畜禽疫病防治与繁育重点实验室为依托，以畜禽疫病防治与诊断、畜禽良种繁育与改良、胚胎工程技术、微生物工程、动物营养调控为重点研究方向。重点实验室配有病原分离鉴定系统、微生物发酵和酶学检测系统、进口显微操作系统等国际最先进的仪器设备，可满足病原分离鉴定、胚胎切割、显微注射、饲料营养成分分析、畜产品质量检测等领域科学研究的需要。
【科研项目及成果】承担国家科技攻关计划、农业部建设项目、山东省农业良种工程、省自然基金等各类项目23项。先后获科研成果78项，其中省部级以上奖励63项。在肉牛、肉羊、良种猪、饲料资源开发、奶牛胚胎移植、畜禽疾病诊断技术等多个领域处于国内先进水平。其中“商品肉牛综合技术研究与开发”获山东省科技进步一等奖和国家“九五”科技攻关优秀科技成果奖，“山东优质肉牛生产技术体系试验示范项目”被评为国家农牧渔业丰收一等奖。“牛性比控制技术研究”和“瘦肉猪配套系饲养新技术研究”获山东省科技进步二等奖。先后荣获农业部“七五”、“八五”、“农业部科研机构综合科研能力优秀单位”，“八五”“全国农业科研开发综合实力百强所”称号。
