南山玉佛殿整体为一座金胎合曼的药师坛城。药师如来是佛教中消灾、延寿、增福、生财，既能满足人们物质需求身体康宁，又能满足人们精神需求的东方佛国之主。
南山玉佛殿由玉佛大殿、药师坛城、舍利殿组成，玉佛殿内供奉的缅甸玉药师如来，像高13.66米，重达660余吨。为目前国内最大、最高的玉佛造像，药师玉佛周围供奉不同颜色的药师六如来像，与玉佛共同构成药师经法上称的药师七佛。药师坛城由金刚成身会大曼荼罗和胎藏界大曼荼罗两座立体坛城组成。舍利殿内殿示了中国佛教三大语系的佛教文物千余件，其中最为珍贵的是供奉在金舍利塔内的佛牙舍利和供奉在玉舍利塔内的高僧舍利，被佛教界视为稀世珍宝而虔诚供奉。
来为主尊而建的金胎合曼药师坛城是人们修证药师忏法，求长寿，求富贵、求安康的理想之所，佛偈有云：
药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦。
无边行愿利有情，名遂所求皆如意。
如能以虔诚之心，崇敬供养礼拜药师玉佛及药师坛城。定能增福添寿、合家平安。
药师玉佛开光后迎来了无数中外游客，所到之人无不为其大、肃穆而震撼。