元朝掌管劝课农桑﹑水利﹑乡学﹑义仓诸事的中央官署。至元七年(1270)二月﹐始置司农司﹐以张文谦为司农卿﹐拟定劝农条画﹐设立四道巡行劝农司﹐每道派出劝农使和副使各一人巡行督促﹑检查农业生产及应兴办水利等事。仍命各路﹑府﹑州﹑县管民长官兼理农事﹐用心劝课﹐年终考其勤惰及农事成否﹐申报司农司及户部﹐作为考核官吏治绩优劣的依据之一。同年十二月﹐改为大司农司﹐命御史中丞孛罗兼大司农卿(后升大司农)﹐以重其事﹐增设各道劝农使﹑副使为四员﹐并拨都水监归大司农司领导。十年,大司农司官集古今农家之书﹐删繁摭要﹐编成《农桑辑要》﹐刊刻进呈。十四年,大司农司罢﹐以劝农事属各道提刑按察司兼领﹔在此以前﹐都水监已改属工部。十八年﹐改立农政院﹐专领武卫屯田﹐二十年先后改立务农司与司农寺。二十三年﹐复立大司农司﹐掌全国农桑事﹐分设六道劝农司﹐每道置官四员。同年﹐诏以《农桑辑要》颁行诸路。二十七年﹐罢各道劝农司﹐并入按察司﹐有关农桑事申报大司农司﹐纠察事申报御史台。大司农司秩正二品﹐置大司农﹑大司农卿﹑少卿﹑丞﹑经历﹑都事等员。
至元三十年﹐以参政燕公楠建议﹐置行大司农司于扬州﹐检括豪家隐占的南宋官田。元贞元年(1295)﹐因所括隐占田亩数少﹐罢。