宋代撤销了隋唐时期专为太子设置的药藏局，翰林医官院下设的机构主要有尚药局、御药院、太医局和保寿粹和馆。
御药院是宫中的御用药房，掌管宫内药品的采购、保管、加工制作等，设有典御、药童、匠等岗位。皇上吃的药直接由御药院制成后试尝，然后进给皇上，因此责任也非常重大，直接管理者又增加了由内侍省派来的太监，由他们进行监察，检查最后的成药和处方上的分量、调剂方法是否一致，是否符合药理，稍有差错，御药院的御医就会被处以绞刑。宋代，皇上外出巡视的时候，尚药局、御药房也要派人随行，每次一去就得跟着二十多人，以备皇上在巡视途中生病之需。御药院还有一个职责是为皇上制作禁方，这些禁方是历代宫内秘不可宣的药方，御药院炼制成功后，把这些秘方整理好，后来的《御药院方》就是我国的第一部皇家的御用药方集。
许国祯(生卒年不详)，字进之，元代绛州曲沃(今山西省曲沃)人，他出生在一个懂医的官宦之家，祖父许济曾任金朝绛州节度使，父亲许日严曾任荣州节度使判官，都懂医药并曾行医治病。许国祯的母亲韩氏，曾以食医的身份侍奉元世祖忽必烈的母亲庄圣太后。在家庭的熏陶下，许国祯青年时代就博通经史，而尤精于医术。后来，许国祯曾与元世祖忽必烈一起出征，是著名的宫廷医家。
许国祯与几位僚友一道，编纂了《御药院方》一书。《御药院方》以宋金元三朝御药院所制成方为基础，进行校勘，修改其错误，补充其遗漏，于至元四年(1267)刻板成书。全书共11卷，收方1000余首，包括内、外、妇、儿、五官、养生、美容等多方面内容。由于该书收集的多是宋金元三代的宫廷秘方，所以能较全面地反映当时宫廷用药的经验。不少方剂还是一般方书中所没有的，是一部名副其实的宫廷秘方。
至元二十二年(1285)，许国祯奉元世祖之命，召集各地医家，与翰林承旨撒里蛮共同主持了增修《本草》的工作，元代著名医家罗天益等20人参与了增修。《本草》的增修工作历时将近4年，到至元二十五年(1288)九月书成，名为《至元增修本草》，是元代唯一的官修本草，可惜该书已亡佚。许国祯还著有《医学源流》一书，但今已失传。
《御药院方》是中医古籍出版社于1983年影印出版的，采用的底本是中国中医研究院图书馆所藏日本宽政戊午（1798年）千贺芳久精思堂仿乾隆聚珍版活字本。许氏此书曾经重刻，后传入朝鲜。中医古籍出版社影印所据的日本皮棉纸线装本，首行作“癸巳新刊御药院方”，书口有“精思堂”字样，目录后有“颐真堂记”、“平阳府司家印”木牌，前有元翰林学士高鸣的序，后有日本丹波元简、千贺芳久的跋文，字体端严秀润，刻印精良。据丹波元简在书后跋文中说：“壬子夏日借抄于佐伯侯红粟斋”。千贺芳久则谓：“佐伯侯…内藏中有元御药院方。法眼多纪君乞而誉之，余从而借读之…因僦工而上木”。而丹波元胤在《中国医籍考》本书条目后，进一步说明：“佐伯毛利君所藏系朝鲜活版，盖依元本而配印者。宽政戊午（1798年）冬，千贺芳久仿乾隆聚珍之式刷印是书二百五十部，请先子跋之。庚申春，先子建言，以数部付崎阳镇台丰后守肥田□□，送清商沈敬瞻”。此本或许就是送沈敬瞻的。当然，也不排除经其他途径回归。《御药院方》由元初刊行，经朝鲜半岛、日本兜了一个圈子，又珠还合浦，回到中国，复出于世，这是中国、韩国、日本三国医学交流史上的一段佳话，也是三国医学香火因缘的延续和汉医专家学者友谊的见证。
