引起肠原性腹泻的原因有：
(1)肠道炎症：肠道炎症所引起的腹泻可分为感染性炎症性腹泻和非感染性腹泻两类：
①感染性炎症性腹泻：为最常见的一类腹泻，常见于：
a.病毒感染：按发病率高低顺序分别为：轮状病毒(其中包括A组轮状病毒、成人腹泻轮状病毒)、肠腺病毒、诺沃克病毒、埃可病毒、星状病毒、冠状病毒、嵌杯样病毒、Norwalk因子以及其他病毒感染所引起的腹泻等。
b.细菌感染：细菌感染所致的感染性腹泻十分常见，呈全球性分布，如细菌性痢疾、沙门氏菌感染、霍乱、副溶血弧菌感染、弯曲菌感染、溃疡性肠结核以及金黄色葡萄球菌胃肠炎等。
c.真菌感染：如肠念珠菌病等。
d.寄生虫感染：如阿米巴肠病、梨形鞭毛虫病、血吸虫病、钩虫病、姜片虫病以及绦虫病等。
②非感染性腹泻：如炎症性肠病(包括慢性非特异性溃疡性结肠炎和克隆病)、急性出血性坏死性肠炎、放射性肠炎以及缺血性肠病等均可有腹泻，结肠憩室炎或结肠息肉并发结肠炎也可伴有腹泻。
(2)肿瘤：肠道肿瘤，如小肠恶性淋巴瘤、结肠癌以及直肠癌等，导致肠粘膜的浸润、糜烂和溃疡等病变，均可引起腹泻；Apud瘤、胃泌素瘤、类癌以及胰性霍乱等，则由于产生大量的胃肠肽类物质而引起腹泻。
(3) 吸收障碍：小肠粘膜受损，如小儿乳糜病、热带和非热带斯泼卢病、乳糜管或肠系膜淋巴结病变等引起的肠腔内菌群失调以及小肠部分切除或短路手术等，均可引起营养物质的吸收障碍而引起腹泻。
(4)食物中毒：如葡萄球菌肠毒素所引起的食物中毒、海豚中毒以及肉毒中毒等。
(5)化学品中毒：如砷、汞、磷及酒精等中毒。
(6)药物作用：泻剂如硫酸镁等；拟副交感神经药如新斯的明、乙酰胆碱及毛果芸香碱等；广谱抗生素如林可霉素及氯林可霉素；降压药如胍乙啶及利血平等都能引起腹泻。
(7)肠变态反应性疾病：因对乳品及鱼虾等食物过敏，引起肠的变态反应性疾病，导致腹泻。
(8)其他：如尿毒症及营养不良等。
肠原性腹泻的诊断
1.病史
采集病史是一项最简单、最方便、最能了解疾病发生、发展规律特征的调查工作。虽然腹泻诊断如此复杂，问诊无需特殊设备，只需要对话即可。
通过问诊，医生可以了解患者腹泻的症状特点，伴随症状情况。从而寻找诊断疾病的线索，了解疾病可能发生的部位、器官及其性质，为进一步检查确诊疾病打好基础。
2.体征：
腹泻患者，出现腹水征阳性，全身水肿见于严重的吸收不良综合症，若同时出现腹水和腹部包块可见于结肠癌和结核性腹膜炎；右下腹包块以结肠癌为多，肠管样包块以克罗恩病为多，结肠淋巴瘤也可见到类似体征；若发现消瘦、突眼、甲状腺肿大等可能患有甲状腺功能亢进；发现有巩膜黄染、肝病面容、蜘蛛痔（nerus araneus）、脾脏肿大（splenomegaly）和腹水则可能为肝硬化。
3.实验室检查
不同的疾病有相应的检查方法，根据病史、查体选择相应的检查方法，如细菌培养用于慢性细菌性痢疾的诊断、胰功肽、D木糖试验、呼吸氢气试验、粪脂肪定量等用于慢性胰腺炎和各种小肠原因吸收不良综合症辅助诊断，而甲状腺功能测定对于甲亢至关重要。血清胃泌素、VIP、5-HT或尿5-HIAA测定对于肠道的APUD瘤如胃泌素瘤、胰性霍乱和类癌综合症诊断意义重大。
4.辅助检查
如消化道空腔脏器多选用内窥镜或超声内镜检查，既直观、可靠、简单和准确，又节约时间。对于实质性脏器如肝脏、胰腺、脾脏、肾脏等选用B超、CT和核磁共振等。
5.综合分析
资料汇总，进行分析。从发病原因起主要症状特点，伴随症状情况，查体的阳性发现，实验室和辅助检查阳性发现，综合分析，从而得出的、可以解释上述结果的结论，此时称之为确诊。
