逃台初期，蒋介石曾以“改造国民党”为由，铲除了CC系等党内异己。但是，旧的矛盾解决后，新的问题又不断出现，国民党内的权力斗争一直没有间断。对于党内异己势力，蒋介石的做法是软硬兼施，不择手段，坚决打击。其中最著名的就是吴国桢事件和孙立人事件。
吴国桢，湖北省建始县人，生于1903年。早年就读于清华大学，后公费保送到美国普林斯顿大学留学，1927年获得博士学位后回国。曾受蒋介石器重，历任国民政府外交部秘书、湖北省税务局局长、蒋介石侍从室秘书、重庆市市长、外交部政务次长、国民党中央宣传部部长、上海市市长等要职。国民党逃台后，为了争取美国的好感和支持，1949年12月，蒋介石任命吴国桢取代陈诚出任台湾省政府主席兼保安司令。
还在1948年上海市市长任内时，吴国桢就与太子蒋经国发生冲突。当时，为了挽救面临崩溃的经济，整顿日益混乱的经济秩序，同时也为了给蒋经国培养日后接班的资本，蒋介石派蒋经国赴上海出任经济督导员。蒋经国年轻气盛，用铁腕手段坚决打击不法投机商人，引起了外界许多非议和上海商界的反弹。对蒋经国的做法，市长吴国桢有不同的看法。他认为经济问题需要用经济手段解决，政治上的高压于事无补。两个月后，蒋经国上海“打虎”失败，事后却将失败的原因归咎于吴的不合作。到了台湾后，蒋经国掌握特务大权，对岛内民众滥捕乱杀，大搞白色恐怖，又引起了受过美国教育的吴国桢的不满，时常利用省主席的职权对蒋经国进行牵制。此外，吴在举办台湾县市政权选举等方面也与蒋氏父子的看法不合。双方矛盾越积越深，尤其是吴与蒋经国的暗中较劲日益公开化，经常在蒋介石面前发泄对蒋经国的不满，甚至说蒋经国“仗势越权，必将成为人民仇恨的焦点”。
在50年代初，蒋介石有求于美国，因此对于吴国桢尚能容忍。随着美台关系的加强，吴国桢被蒋介石用于向美国示好、拉关系的作用已经不大，于是，在吴与小蒋的争权中，蒋介石开始公开偏袒蒋经国，排斥吴国桢。据说，蒋介石还曾想制造车祸暗害吴国桢。在这种情况下，吴国桢自感已成蒋氏父子的眼中钉，难以继续在台湾立足，乃于1953年4月以“健康欠佳”为由辞去台湾省政府主席职务，远赴美国。但老父幼子却被留作人质，不准同行。
1953年11月，蒋介石以“蒙混舞弊，不尽守责”罪名突然免去了“总统府”秘书长王世杰的职务。王与吴国桢关系十分密切，王下台后，从台湾传出他曾擅自批准吴国桢套购外汇12万美元的消息，实际上是影射吴“携资外逃”，台湾当局并要求他尽速返台。吴国桢认为这是蒋氏父子蓄意陷害，于是拒绝返台，并致函要求国民党辟谣。在得不到国民党的答复后，吴又想在台湾报纸刊登澄清广告，但居然没有一家台湾报纸同意刊登。于是，吴国桢决定向蒋氏父子发难。
1954年2月7日，吴国桢接受美国一家电视台的专访，批评国民党“一党专政”，称如不从速实行民主，台湾难以得到美国等西方国家的支持；并表示他出走美国完全是因为与蒋氏父子政见不合，不为所容。此言一出，即在美国引起巨大反响。一周以后，吴再接受美国一家通讯社记者采访，指责蒋介石任人唯亲，排斥异己，独断专行；国民党钳制言论，大搞特务政治，并要求彻底清查国民党的经费来源。蒋介石闻言恼羞成怒，除组织岛内舆论进行围剿外，并于3月17日以“总统”名义发布命令，指吴国桢“背叛国家，污蔑政府，分化国军，挑拨政府与人民及侨胞与祖国的关系，居心叵测”，网罗了十三条罪状，宣布解除吴国桢所有职务，开除党籍；对于有关“违法渎职”罪行，将彻底查办。台湾当局并向美国政府提出引渡吴国桢回台的求，但遭美国拒绝。
吴国桢后来一直在美国居住，从事教育和写作。1984初年曾接受《蒋经国传》作者江南的采访，披露了大量当年与蒋氏父子尤其是与蒋经国的恩怨情仇。1986年6月，吴国桢在美国病故。
