一、梃击案
明万历朝，因立太子曾引起朝廷激烈的争论。万历帝长子朱常洛为太后宫女王氏所生， 极受冷遇；而宠妃郑贵妃所生皇三子朱常洵为万历帝所钟爱，郑氏与万历帝“密誓”立常洵为太子。
朝臣依据封建王朝太子立嫡，无嫡立长的法纲力争，但万历帝总以各种借口拖延，直至皇太后施加压力，始于万历二十九年（1601年）册立朱常洛为皇太子，同时也封常洵为 福王，藩国洛阳，这就是万历朝围绕确立太子争论了15年的“争国本”斗争。从万历二 十九年（1601年）至四十二年（1614年），又斗争了13年，直至福王离开北京赴洛阳就 国才真正确立了朱常洛的太子地位。但宫闱的权力之争仍未停止。
万历四十三年（1615年）五月，宫外男子张差手持木棒闯入大内东华门，一直打到皇太 子居住的慈庆宫，后被内监捕获。对张差梃击太子宫之事，朝内争论不一。支持郑贵妃 倾向福王为太子的臣僚认为是张差疯癫所为；支持皇太子的大臣认为是陷害太子的阴谋 。经刑部十三司会审，查明张差系京畿一带白莲教的一支红封教的成员，其首领为马三 道、李守才，他们与郑贵妃宫内的太监庞保、刘成勾结，派张差打入宫内，梃击太子宫 。
此案的发生，震惊了宫内和朝野。联系万历四十一年（1613年）曾发生郑贵妃的内侍与 奸人勾结诅咒皇太子的事件，梃击案牵连到郑贵妃在所难免。万历皇帝极力调解皇太子 与郑贵妃的矛盾，一方面怒责郑贵妃，一方面迫使皇太子改变态度，由“张差所为，必 有主使”改变为“此事只在张差身上结局足矣”。此外，万历皇帝又召见群臣，表示怀念皇太子的保护人皇太后，以示自己立太子的诚意。他明令除惩治张差等人外，“不许 波及无辜人”，以解脱郑贵妃。
此案结局，张差磔死，马三道、李守才发远方戍守，太监庞保、刘成在内廷击毙，梃击 案掀起的轩然大波暂时平息。然而宫闱争斗并未真正结束，在泰昌、天启年间更为剧烈地展开，“红丸案”、“移宫案”接踵发生。梃击案与权力之争显然有关，但其内情至今未有定论，成为明宫疑案之一。
二、红丸案
朱常洛自幼不得其父喜爱，13岁才出阁读书，又长期辍读，经历坎坷。朱常洛即位后，颇具心计的郑贵妃又竭力笼络泰昌帝的宠妃李选侍，二人谋合，欲为己请封皇太后和皇后之号。泰昌帝由于忧心国事，本已虚弱的身体，不几日更是“圣容顿减”，“病体由是大剧”。
此时，司礼监秉笔、掌管御药房的原郑贵妃宫中的内医崔文升入诊帝疾，他用去热通利之药，希使泰昌帝腹泻排毒，却遭到东林攻击。这些人攻击皇帝生病是纵欲过度；崔文升进药是受郑贵妃指使，欲置皇上于死地。众太医于是束手。此后鸿胪寺丞李可灼又自称有仙丹妙药可治帝疾，对其药大臣们多不主张皇帝服用。但皇帝由于无计可施，决计服用。初服一丸，四肢和暖，思进饮食，再进一丸，于次日凌晨即崩。此药为红色，称“红丸”，以铅为主，以参茸为副。
东林于是开展攻击，称郑家有意谋害皇帝。继泰昌帝而后新登极的天启皇帝朱由校迫于舆论压力，准许内阁首辅方从哲退休，将崔文升发配南京，李可灼充军，此案草草收场。“红丸案”成为明宫疑案之一。转年，东林孙慎行等复官，又曾发此案以攻击方从哲。次辅韩广等出面调解。最后调查结果称在场“众臣皆有罪”。
三、移宫案
明万历四十八年（1620年）七月至九月一日，万历、泰昌两帝相继而亡，新帝即位之事关系着国家的命运，成为朝野关注的焦点。
天启皇帝朱由校由于其父泰昌帝朱常洛不得万历皇帝的宠爱，他自幼也备受冷落，直到万历帝临死前才留下遗嘱，册立其为皇太孙。朱由校的生母王才人虽位尊于李选侍之上，但因李选侍受宠，她备受李选侍凌辱而致死，临终前遗言：“我与西李（即李选侍）有仇，负恨难伸”。于是东林认为，朱由校从小亦受李选侍的“侮慢凌虐”，终日涕泣，形成了惧怕李选侍的软弱性格。但崇祯即位后却称李选侍对待他们兄弟甚好（《三桓笔记》）。
泰昌帝即位后，朱由校与李选侍一起迁住乾清宫。一月后，泰昌帝驾崩，李选侍控制了乾清宫，在太监李进忠（魏忠贤）等支持下，企图逼封皇太后。此举引起朝臣怀疑，认为他要垂帘听政。
泰昌帝驾崩当日，杨涟、刘一燝等朝臣即直奔乾清宫，要求哭临泰昌帝，请见皇长子朱由校，商谈即位之事，但受到李选侍的阻拦。在大臣们的力争下，李选侍方准朱由校与大臣们见面。杨涟、刘一燝等见到朱由校即叩首山呼万岁，并保护朱由校离开乾清宫，到文华殿接受群臣的礼拜，决定以本月六日举行登极大典。为了朱由校的安全，诸大臣暂将他安排在太子宫居住，由太监王安负责保护。
李选侍挟持朱由校的目的落空，又提出凡大臣章奏，先交由她过目，然后再交朱由校，朝臣们强烈反对。朝臣们要求李选侍移出乾清宫，迁居哕鸾宫，遭李选侍拒绝。李选侍又要求先封自己为皇太后，然后令朱由校即位，亦遭大臣们的拒绝，矛盾日渐激化。朱由校御乾清宫登极大典日期迫近。至初五日，李选侍尚未有移宫之意，并传闻还要继续延期移出乾清宫。内阁诸大臣站在乾清宫门外，迫促李选侍移出。朱由校的东宫伴读太监王安在乾清宫内力驱，李选侍万般无奈，怀抱所生八公主，仓促离开乾清宫，移居仁寿宫内的哕鸾宫。九月六日，朱由校御奉天门，即皇帝位，改明年为天启元年。至此，李选侍争当皇太后、把持朝政的企图终成画饼。
李选侍虽已“移宫”，但斗争并未结束。“移宫”数日，哕鸾宫失火，经奋力抢救，才将李选侍母女救出。当时就有人斥责东林欺人太甚：“皇八妹入井谁怜，未亡人雉经莫诉”，指责他们违背孝悌之道。朱由校在杨涟等人的支持下批驳了这些说法，指出“朕令停选侍封号，以慰圣母在天之灵。厚养选侍及皇八妹，以遵皇考之意。尔诸臣可以仰体朕心矣”。后来又晋封选侍为康妃，加以安置。
至此，“移宫”风波才算暂告结束。它与万历朝的梃击案、泰昌朝的红丸案一直是天启朝党争的题目，史称晚明三大疑案。
