圣迹殿是以保存记载孔子一生事迹的石刻连环画圣迹图而得名的大殿。此殿位于寝殿之后，独成一院，是孔庙最后的第9进庭院。殿系明万历二十年（公元1529年）巡按御史何出光主持修建的。孔庙原有反映孔子事迹的木刻图画，他建议改为石刻，由杨芝作画、章刻石，嵌在殿内壁上，这就是为数120幅的“圣迹图”。
圣迹图每幅约宽38厘米，长60厘米，其所表现的圣迹从颜母祷于尼山生孔子，到孔子死后子弟庐墓为止，并附有汉高祖刘邦、宋真宗赵恒以太牢祀孔子二幅。其中有人们熟知的“宋人伐木”、“苛政猛于虎”等孔子一生的主要活动和言论，是我国第一本有完整人物故事的连环画，具有很高的历史价值和艺术价值。
圣迹殿内，迎面是清康熙皇帝手书“万世师表”石刻。字下正中为唐代大画家吴道子画的“孔子为鲁司寇像”，左边是晋代名画家顾恺之画的“先圣画像”，习称“夫子小影”，据说"小影"在孔子像中最真，最接近孔子原貌。孔子四十八代孙孔端友于宋绍圣二年（公元1095年）摹勒上三石；右边是吴道子画的”孔子凭几像“，孔子按几而坐，弟子分侍左右，孔子四十六代孙孔宗寿于宋绍二年翻刻石上。在这些画像上，有宋太祖、宋真宗等皇帝的御赞，有宋代绍圣、政和等年号和题跋。殿内还有宋代书法家米芾篆书的“大哉孔子赞”，还有清康熙、乾隆皇帝的御制碑。
