芝山岩文化遗址位于台北市士林区，最早发现于1896年，1979年再次发掘，发现有两个文化层，上层明显为圆山文化系统，下层出土的遗物有硬度较高的黑陶、彩陶，各种磨制石器，稻谷种子，质地坚韧的绳索、藤器、骨器、鱼骨、兽骨，以及用火烤制过的木棍等。据专家分析推测，芝山岩文化遗址的下层是与圆山文化不同的另一种文化层，且比圆山文化早1000年左右。芝山岩文化遗址出土的黑陶和彩陶，与大陆东南沿海一带出土的黑陶和彩陶同属一个系统，说明至少在4000多年前台湾与大陆的文化交流已十分密切。
面积约10公顷的遗址范围除了包含芝山岩山麓及小丘顶部以外，并向山麓下方道路延伸。1986年发现的该遗址不但为台湾相当重要遗址，也是首处被发现的史前时代遗址。