《中医文献杂志》前身是《杏苑》杂志，创刊于1956年上海市中医文献馆复馆之初。为内部刊物，不定期出版。由当时馆长董廷遥亲笔题写了刊名。1987年《杏苑》被上海市新闻出版局批准为正式内部刊物，以季刊形式定期出版发行，更名为《杏苑中医文献杂志》，明确以“继承发扬老中医学术经验，整理研究古今中医药文献”为办刊宗旨。随着该刊在国内外的影响日益扩大，作为内部刊物已很难适应海内外中医界的要求，在上海市科委和上海市新闻出版局的积极支持下，于1994年正式批准本刊国内外公开发行，并更名为《中医文献杂志》。
2003年我刊由原小16开改版为大16开，页码增至现在的56页。从创刊之初的《杏苑》到公开发行的《中医文献杂志》，历经二十余年，为中医药文献的研究整理、实践应用、临诊感悟提供了交流、展示平台。拥有卷帙浩繁、门类广博的中医药文献典籍，是中华民族文化之精华。中医文献研究，途径种种，或从校勘训诂，或以训解次注，或以分类摘编，或集各家之注，或为译释发挥，方法虽殊，然皆为保存、整理医籍文献所不可缺少。正是诸多先贤学者，鉴伪辨正，考镜源流，辑佚修纂，才使浩如烟海的医经典籍得以保存流传，垂世而久远；医道经论得以昭明渊源，揭示真缔。前辈名医临诊集验，是活的文献，继承、总结这些特色经验、学术思想，尤为当务首要；承前启后，指导临床，岐黄之说得以历代沿袭，使之盛世不衰，此古籍整理之重要、文献研究之贡献昭彰可明也。
我刊编辑同仁，穷极心力，精耕细作，更递守护，夙夜匪懈，屏绝时事，潜心捉字，二十年如一日，青灯黄卷，两袖清风，唯以荣盛杏林，开垦文田，以荫读者为已任。一路走来，始终坚持“整理研究古今中医药文献，继承发扬老中医学术经验”为办刊宗旨，不断丰富学术内涵，拓展交流空间，开辟特色专栏，使之成为中医药文献研究、源渊考证、真伪辨鉴、历史追踪、古今论道、医海拾遗、学验交流的特色期刊。2002年成为“中文科技期刊数据库全文收录期刊”；2003年成为“中国学术期刊综合评价数据库刊源期刊”；后又成为“中国核心期刊（遴选）数据库收录期刊”。是现今全国唯一的一份中医药文献专业类学术期刊，群芳争嫣，一枝独秀，她倍受国医大师、文献泰斗们的关注和支持，为业内同行的首肯，得到广大读者的厚爱和青睐。
《中医文献杂志》是目前国内唯一的一份中医药文献研究专业期刊。为季刊，国内外公开发行。
本刊自1983年创刊以来，始终坚持“继承发扬老中医学术经验，整理研究古今中医药文献”的办刊宗旨，辟有“文献研究”、“学术探讨”、“老中医药经验”、“名医遗著”、“医林人物”、“文献综述等固定栏目，又逐步增设了“医药学史”、“书刊述评”、“杏苑纵横”、“验方萃”、“验案选介”拔等特色栏目。目前已被收入“中国期刊全文数据库”，以及几种权威中文期刊目录索引。
