北京市水务局是为负责本市水行政管理的市政府组成部门。主要职能如下：
（一）研究本市水务发展战略，起草有关水行政管理方面的地方性法规、规章草案，提出水务中长期发展规划及年度计划，并组织实施；组织国民经济和社会发展规划、城市总体规划及重大建设项目中有关水务方面的论证工作；参与制定有关流域水资源规划。
（二）统一管理本市水资源（含地表水、地下水、空中水）；制定水资源中长期供求计划、水量分配调度方案，并监督实施；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布水资源公报；负责管理水文工作。
（三）负责本市供水行业管理工作；组织制订供水行业的技术、运营、服务、供应等管理规范和技术标准，并监督实施；负责供水行业特许经营的具体实施工作；负责本市自备井的管理；监督检查公共供水和自建设施供水单位的供水水质。
（四）负责本市计划用水、节约用水的管理；组织拟订计划用水、节约用水的有关政策和标准，并监督实施。
（五）负责本市排水、污水处理、再生水利用的行业管理工作；负责排水、污水处理、再生水利用行业特许经营的具体实施工作；负责排水设施、污水处理设施、再生水利用设施维修养护的管理以及污水处理费征收、使用的管理工作；负责排水许可管理和排水水质监测的管理工作。
（六）负责本市河道、水库、湖泊、堤防保护的管理工作；监测河流、湖泊、水库及饮水区等水域的水量、水质；核定水域纳污能力，研究提出水功能区的划分、限制排污总量和水环境治理的意见，并监督实施。
（七）负责本市水务工程和水务设施的管理工作；组织编制重点水务工程建设项目建议书和可行性报告；组织实施国家水务技术质量标准和水务工程的规程、规范；组织水务工程的竣工验收工作。
北京市人民政府办公厅关于组建北京市水务局有关事宜的通知
京政办发〔2004〕15号
各区、县人民政府，市政府各委、办、局，各市属机构：
为加强对全市水资源的集中统一管理，积极建设节水型城市，促进经济和社会的全面、协调、可持续发展，市政府决定撤销北京市水利局，组建北京市水务局（简称市水务局），为负责本市水行政管理的市政府组成部门。经市政府同意，现就有关事宜通知如下：
一、原北京市水利局承担的全部水行政管理职责，交由市水务局承担。
二、原由北京市市政管理委员会承担的管理本市城市供水、节水、排水与污水处理方面的职责，以及负责本市规划市区内地下水的开发、利用和保护工作等职责，交由市水务局承担。
二〇〇四年三月十三日
（八）组织、协调本市农田水利基本建设和管理；负责本市水土保持工作。
（九）参与水务资金的使用管理；配合有关部门提出有关水务方面的经济调节政策、措施；参与本市水价管理和改革的有关工作。
（十）组织、协调、监督、指导全市防汛抗旱工作。
（十一）负责本市水政监察和水行政执法工作；协调部门之间和区县之间的水事纠纷。
承办市政府交办的其他事项。