广州中医药大学于1972年开办中药班，1976年开始招收中药学本科专业，1984年在中药学专业的基础上成立中药系，1997年经国家中医药管理局批准更名为“中药学院”。中药学1981年获全国首批硕士学位授权，1998年获一级学科博士学位授权。2004年9月，中药学院将整体搬迁进入广州大学城新校区。
中药学院下设药理学、中药学、方剂学、中药分析、化学、中药化学、中药药剂学、中药炮制学、药植鉴定学等九个教研室以及实验管理中心和中药标本中心。与学院实行院所合一体制的“中药研究所”下设四个研究室：中药药理、毒理研究室，中药质量标准研究室，中药资源研究室和中药制剂工艺研究室。中药学院是“国家中药现代化工程技术研究中心”、“国家教育部现代中成药工程研究中心”、“砂仁等中药材规范化种植(GAP)研究示范基地”等国家级工程（研究）中心的主要组成部分，也是广东省建设“国家中药现代化科技产业基地”的重要组成单位。
中药学院的中药学（中药制药）学科1997年被确定为国家中医药管理局与广东省人民政府共建重点学科，2000年被评为广东省省级重点学科，2001年被确定为国家中医药管理局局级重点学科。中药学课程1997年被评定为广东省高等院校省级重点课程，《方剂学》、《药理学》课程为校级重点课程。
目前全院教职工共有123人，其中正高职称20人、副高职称37人、中级职称36人，具有博士学位的10人、硕士学位的33人。教师队伍中有博士生导师11人、硕士生导师28人，有省部级学术带头人5名，广东省“千百十人才培养工程”校级培养对象1人。学院还聘请了以王永炎院士、肖培根院士为主组成的院外专家组。
中药学院自开办以来一直开设中药学本科专业，1995年～1997年增设中药资源学本科专业，并开设中药贸易大专，1998年开设制药工程本科专业，2003年开设药学本科专业，2004年开设药物制剂学专业本科。目前在校学生达1648人，其中本科生1570人、硕士生49人、博士生29人。
学院现有实验教学相关用房总建筑面积3254m2 ，教学、科研仪器设备总值达1037万元；有中药标本馆1间（面积750 m 2 ，陈列中药标本2400多件，共10000多份）、药圃2个（面积4100 m2 ，种植有药用植物品种1200多种）；学院公共资料室和各教研室共有藏书3070册，校园计算机网络分布到每一间室，并实现了网络信息资源共享。
到2004年12月止，学院已建立了平远鸿运制药公司、中山中智药业集团等3个中药产学研示范基地；建立了包括广东省药品检验所、广州市药品检验所、广州中一药业股份有限公司、广州潘高寿药业股份有限公司、广州敬修堂药业股份有限公司、东莞市医药总公司、广州致信药业有限公司、广州市流溪河林场（药用植物野外实习基地）、广东顺德康富来保健品有限公司、广东177医院、广东康美药业股份有限公司、广州羊城药业有限公司等12个正式挂牌的校外教学基地，并建立了中山大学生命科学院、广东省药物研究所、广东省中医研究所、广州市医药公司等共51个教学、毕业实习单位，还建立了有15间“采芝林药业连锁店”的本科生连锁药店见习点。
中药学院主要承担学校各层次、各专业的基础课教学，中药类专业的专业基础课、专业课教学任务以及中医药科研工作。近3年共承担41门课程的教学任务，全院年平均授课时数约11266学时；近3年主持的教学及科研项目49项，获各级教学及科研成果奖22项（其中国家级1项、省级1项、厅校级20项）。编写出版教材教参16部，学术专著43部，公开发表各级教学、科研论文313篇。集体获得各级各类奖励4次，个人获得各级各类奖励20人次。
