织田信长宣称“天下布武”，表明了武力统一天下的决心。之后，他又趁着正亲町天皇和足利将军请他帮助恢复他们在尾张的领地和权力的时候，取得了统一全国的合法地位。1568年9月，织田信长占据京都，扶立足利义昭为将军，并控制了天皇，挟天子以令诸侯，加快了他统一全国的步伐。
织田信长在1571年以世俗的力量击败了富有战斗性的天台宗僧人（Tendai Buddhists，参见一向宗），并且破坏了他们在京都附近的的修道中心——比睿山（Mount Hiei），还杀死了数千的僧侣。 1573年 ，他战胜了当地的大名，放逐了最后一个足利将军（Ashikaga shogun），开创了历史上的安土桃山时期（the Azuchi-Momoyama period， 1573年 至 1600年 ）。这个时期以信长和秀吉的城堡命名。在这些主要步骤之后，信长在琵琶湖（Lake Biwa）畔的安土建造了七层的，用石头墙壁围着的城堡。城堡可以承受火枪的打击，成为战国时期的标志。信长授予被征服大名封地，清除免税商业的障碍，把受贬抑的宗教团体和商人拉拢到他自己的军事体系中，因此增长了自己的实力。他通过大规模的战争控制了大约三分之一的省，还设立并实施了一系列的行政管理制度，例如系统的村庄组织，税收和标准化的量度。同时，其他的大名——包括已经被信长征服的和他控制之外的——也建造了他们自己的极其坚固的城堡并使他们的驻军现代化。 1577年 ，信长派他的主要战将——秀吉去攻占西 本州 （Honshu）的十二个省。这场战争拖延了。 1582年 ，当信长带领军队支援秀吉的时候，被手下武将明智光秀暗杀了，即本能寺之变（后明智光秀在逃亡时死于粗野的村民手中）。
在消灭了明智光秀，又击败了织田信长手下大将柴田胜家之后。丰臣秀吉成为信长未成年后嗣的保护者之一。 1584年 ，秀吉消灭了其他三个保护者，完全控制了京都，成为信长无可争议的继承人。秀吉生来就是没有姓氏的普通人，他被藤原（Fujiwara）家收为养子，被赐姓丰臣（Toyotomi），并得到了关白（kanpaku）的职位。这意味着全日本的内政和军事都为他所控制。之后的一年中，他维持了与九个主要大名中三个的同盟，并继续在四国（Shikoku）和北 九州 （Kyushu）的战争。 1590年 ，秀吉动用20万军队，战胜了控制东本州关东（Kanto）地区的最后一个敌手。剩下的大名都投降了，日本战国时代的战争就结束了。
秀吉独裁控制全日本，通过直接的手段或是盟誓的陪臣。新的中央政府体系开始运作。国家被一个大名联盟统一了，但是还是分散化的。再一次的分配领土成为实力的标准。作为丈量和评价土地的新的单位——石（koku）——被设立。1石大约等价于180立升的大米。拥有能生产一万石或更多大米的土地的那些人，被定义为大名。日本全国检地有1850石（ 1598年 数据），而秀吉一个人拥有其中的200万石。德川家康——强大的中本州大名（并不完全受到秀吉的控制）——掌握着250万石。尽管秀吉拥有强大的力量并担心家康所拥有的实力，德川家康的位置还是绝对的安全。秀吉试图削弱大名的利益，例如委派德川家管理关东地区，并用可信赖的陪臣包围他的新领土。在 大阪 的城下町，他将诸大名的妻子和后嗣作为人质，并用姻盟加强封建约束。他利用石体系和检地重新分配全国土地。 1590年 ，秀吉宣布结束更进一步的阶级运动或社会地位的改变，这加大了农民阶级和武士（bushi 只有后者才能佩带武器）阶级之间的差距。 1591年 ，他有计划的让他的儿子秀次（Hideyori）当上关白，自己作为太阁（taiko）摄政。在他生命结束之前，秀吉为了平衡权力，试图建立某种政体并让其正式化：五大老（the five-member Board of Regents）（家康是其中之一），向秀吉宣誓维护和平并支撑丰臣氏；五奉行（the five-member Board of House Administrators），制订日常工作方针和行政上的事务；三中老（the three-member Board of Mediators），维护大老和奉行之间的和睦。
桃山艺术（Momoyama art， 1573年 至 1615年 ）——以秀吉在伏见（Fushimi，京都南方）修建城堡的小山为名——在这时期十分繁荣。这个时期，对外界产生兴趣，以大都市为中心发展，商业手工业者地位上升。华丽的城堡建筑和室内装饰，用金叶子修饰的彩绘屏风，表现了大名的实力和财富。外来的“南蛮”（即欧洲人）变得很普遍。
在 1577年 ，秀吉已经占领了长崎——日本与外界接触的主要地点。他控制各种贸易团体，并试图管制全部的海外活动。尽管 中国 拒绝了他保障贸易特许权的努力，但是秀吉还是成功的把商业使节送到了现在的 马来西亚 ，菲律宾群岛和 泰国 。他不相信 基督教 ，并且迫害了一些传教士。这可能破坏了大名的忠诚。
秀吉主要的野心是占领中国。 1592年 ，他率领20万军队侵略 朝鲜 ——当时是中国的附属国。他的军队在半岛上迅速蔓延，直到明军入朝参战。在和平会谈期间，秀吉提出分割朝鲜半岛，自由贸易，并且让一个中国公主成为日本皇后等的无理要求。日本的无理要求被中国人断然拒绝了，并将残留在半岛上的日军彻底赶回日本。于是，1597年 开始了第二次入侵，但是， 1598年 因秀吉的死而突然结束了。
1598年丰臣秀吉去世，全国再度陷入混乱。当时最强大的大名德川家康利用政治手段控制大阪城的权力中心，招致多数大名与丰臣内部文官的不满。1600年，不满的大名在文官石田三成与大名毛利辉元的号召下起兵讨伐德川家康，双方在关原之战中交手，结果德川家康大获全胜，成为全国实际的统治者。1603年天皇下旨封其为征夷大将军，至此进入江户时代。
