会计学院是南京审计学院最早设置的院系之一，始建于 1983 年。当时，将会计学专业与统计学专业合在一起，称为会统系。 1987年，院系调整，将会统系并入审计系，设置会计教研室。 1991 年会计教研室从审计系分出，归入经济管理系。 1993年会计系独立，设有会计理论、财务会计、成本会计、财务管理四个教研室，并开始招收第一届会计学专业本科生。 1997年设立财务管理专业，招收第一届财务管理专业本科生。 2002 年，南京金融高等专科学校并入南京审计学院，两校会计系合并。 2005 年 3月，会计学院成立，下设会计学系和财务管理系，同时设有财务与会计研究所、财会案例工作室、职业生涯规划设计工作室、合作教学部和会计模拟基础实验室。学院拥有会计学和财务管理 2 个学士学位授予权。其中，会计学专业为学校重点建设专业， 会计（审计）学为省重点建设学科。
学院拥有一支整体结构较合理，发展潜力较大的师资队伍。 现有专任教师 57 人，外聘荣誉教授 2 人。专任教师中，有教授 3 人，副教授17 人，博士 5 人（含博士后 1 人），在读博士 7 人，硕士 24 人。 近五年，先后承担完成省部级科研课题 17 项，完成专著、编著19 部，在《会计研究》、《管理世界》、《中国工业经济》、《审计研究》、《中国管理科学》等各级专业期刊上公开发表学术论文 400余篇，获得省部级奖 7 项。
从最早每年招收 100 人到目前在校本科生 1178人，学院经历了由少到多，由单薄到充实的人才培养历程。在教学中，注重加强对学生的“三基”（基本理论、基本方法、基本技巧）训练，以及在英语和计算机应用能力方面的强化训练，同时在专业课程设置上努力与注册会计师、国外会计教育课程有机对接；注重学生知识、能力、素质的协调发展，认真组织学生积极参加各项课外活动，全面提高学生综合素质，使之成为适应社会发展需要的应用型会计、财务管理专业人才。截止2006年，已向社会输送1991名合格的本科毕业生，历届学生就业率稳定在 95% 左右。
在二十多年的办学历程中，学院依托会计学、财务管理学两大主体专业，面向市场，面向国际，面向现代化，努力构筑大专业平台，逐步形成以普通本科教育为主体、国际合作办学为特色、辅之以 CPA 培训的多元化办学格局。办学层次由专科发展为本科， 2004年开始与南京大学联合培养会计学硕士研究生，并与澳大利亚科廷科技大学采用“3+1”模式联合培养会计学专业本科生。
