黄寺位于安定门外黄寺大街。有东黄寺和西黄寺，故称双黄寺。
东黄寺又名普净禅林，建于清顺 东黄寺又名普净禅林，建于清顺治八年(1651)，是为治佛脑木汗所建，西黄寺建于顺治九年(1652)，达赖喇嘛五世在当年12月来京时住此。顺治十年(1653)，达赖刺嘛辞归。乾隆四十五年(1780)，班禅额尔德尼六世来京，清高宗指定把五世达赖曾经住过的西黄寺作为他的安禅之所。
西黄寺寺门南向，进门有殿3间，院内有钟、鼓楼各一座。第二进有正殿5间，殿前有东西碑亭2座。雍正元年(1723)，蒙古王公铸佛像宝塔送寺供奉。乾隆三十六年(1771)重修。四十七年(1782)在西黄寺殿后中轴线上，建清净化城，内有白塔一座，塔身刻班禅始末记，西黄寺又称达赖庙，清净化城为班禅塔。班禅塔周围环绕石栏，前、后各有白石牌坊一座。塔制上下八角形，饰以金顶。塔的4角配以小塔4座，每座塔上通刻佛像。
西黄寺坐北朝南，由二进院落组成，占地近一万二千平方米。过去是西藏达赖、班禅进京驻锡的场所。现在是中国藏语系高级佛学院的所在地。
清初，清廷为了融洽与西藏地方势力之间的关系，顺治八年（1651）派恰噶和喜饶喇嘛去西藏邀请五世达赖喇嘛罗桑嘉措（1617－1682）进京与顺治皇帝会晤，遂命建造西黄寺供达赖喇嘛驻锡。顺治九年（1652）西黄寺建成。是年，五世达赖喇嘛率领西藏僧俗官员侍从三千多人，历时九个月到达北京，驻锡在西黄寺。 因格鲁派僧人着黄色僧袍、戴黄帽，所以该派又称黄教，黄寺因之得名。此寺以东，原有一座建于公元1651年的藏传佛教寺院，为了便于区分，人们便依两寺方位称为东、西黄地。东黄寺早已无存。
乾隆四十四年（1779）六月，六世班禅巴丹益西（1738－1780）率领三大寺堪布及僧职人员百余人，由驻藏大臣、僧俗官员两千余人护送，从后藏扎什伦布寺起程，前来北京觐见乾隆皇帝，并为乾隆七十大寿祝贺。这是清代前期民族关系史中一次重要的历史事件。次年七月，乾隆帝在避暑山庄举行了盛大欢迎仪式。
班禅参加了万寿节的朝贺，亲自诵《无量寿经》，施无量寿佛大灌顶仪式，然后在皇太子等人的陪同下于九月到达北京，驻锡在西黄寺。
从五世达赖、六世班禅开始，历世达赖与班禅，每隔一年都派官员和喇嘛来北京朝贡，他们照例都在西黄寺居住。从蒙古各部来京朝贺的佛教徒也都在西黄寺居住礼佛。
在西黄寺后殿中轴线上，有一座最突出的建筑就是六世班禅衣冠塔，本名“清净化城塔”，俗称“班禅塔”。这是乾隆四十七年（1782）为缅怀六世班禅，诏命建造的。这座班禅塔富有独特的建筑风格，整个塔型虽为印度佛陀伽耶式，即大塔四角建小塔，五塔共建在同一塔基之上，但中央主塔的结构却是藏式佛塔。其建筑、佛传人物、绘画、雕刻以及花纹装饰又是汉族的传统手法。这是清代佛塔建筑艺术的杰作。
设在西黄寺的中国藏语系高级佛学院，是在十世班禅大师和中国佛教协会赵朴初会长的倡导下，得到人民政府的支持，于1987年创建的。这是一所培养中国藏传佛教的研究、教学、寺庙管理高级弘法人才的最高学府，也是藏传佛教培养活佛、格西的教育由经院式教学改变为课堂集体教学的历史创举。
