1644年（清·顺治元年）清政府迁都北京，盛京城成为清朝政府的“陪都重镇。”政治地位下降，经济地位上升。
1657年（清·顺治十四年）盛京城设立奉天府（奉天将军），从此，沈阳又有奉天之称。1663年（清·康熙二年）修建道观“太清丛林”（本名三教堂；今太清宫）于古城西北角。
1680年（清·康熙十九年），在盛京古城（奉天府）城外增筑一圈圆形周长16公里的夯土关墙，又设八个关，开设八个边门与内城的八门相对应。其关的称谓按地名为主，即大东边门（大东关）、小东边门（小东关）；大南边门（大南关）、小南边门（小南关）；大西边门（大西关）、小西边门（小西关）；大北边门（大北关）、小北边门（小北关）。这是沈阳奠定古城“八门八关”的城郭规制，是未来二三百年间东北地区最完备壮观的古代城池。沈阳古城城建规划由此而来初具都市规模。1684年于古城大南门外修建两进院的佛庙般若寺。1707年始建锡伯族家庙（今太平寺）于皇寺西侧，1752年（清·乾隆十七年）扩建，0000年（清·光绪二十八年）重修扩建。1765年（清·乾隆三十年）位于新民县镇南街的清真寺竣工，原寺为土草垒苫构筑，光绪年间重建为砖木结构建筑。1803年（清·嘉庆八年）在回民聚集地修建清真东寺。后逐年扩建为经学院。如今在沈阳西部的新民县境内，可见当年清王朝修建的柳条边墙遗存。
