一般人认为，江户幕府奉行“锁国”政策，导致日本近代落后不振，一度遭到西方列强的侵略，然而实际上，日本的情况和中国明清两代并不相同，并且幕府的“锁国”是有一个启动过程的，并非始自德川家康。江户幕府的所谓“锁国”，其实锁的是南蛮贸易。丰臣秀吉在世的时代，就曾经下令严禁天主教传教，勒令凡日本国人都不得信奉这种异国邪教，等到秀吉去世，德川家康为了加强对外贸易，一开始并没有重申禁令，不仅如此，他还优待新近航来日本的英国和荷兰商人。家康曾经任命英国航海长威廉·亚当斯作为自己的通商顾问，赐予三浦半岛二百五十石的俸禄，亚当斯因此跻身幕府旗本之列，并且取了一个日本名字叫做三浦按针——按针在日语中有领港、领航之意。
在德川家康类似举措的鼓励下，各地诸侯也纷纷大力发展南蛮贸易，伊达政宗就曾派家臣支仓常长前往欧洲，谒见罗马教皇和西班牙国王，要求通商。据说常长本人因此直接得到教皇的洗礼，被授予罗马公民权。
但是新教国家英、荷与先期航来的旧天主教国家西、葡之间矛盾重重，前者因此在家康面前大进谗言，说天主教传教士乃是妄图将日本变成殖民地的西、葡国王派来的间谍。家康本就不满天主教宣扬上帝万能从而淡化世俗领主的权威，进而看到很多九州诸侯通过与西、葡等国通商获得了大批物资和武器，认为如果不加限制地任其发展，将会动摇幕府的统治基础，恰巧就在此时，发生了著名的“冈本大八事件”，促使家康颁发了禁令。
且说庆长十五年（1610年），肥前日野江大名有马晴信和葡萄牙商船耶稣号发生冲突，最终将耶稣号击沉，晴信以此向幕府表功，并且进献给老中本多正纯的家臣冈本大八大笔财物，希望大八能够帮忙进言，恢复有马氏的旧日领地。然而冈本大八接受贿赂却不肯办事，有马晴信越等越急，愚蠢地直接越过大八去催促本多正纯——贿赂事件就这样暴露了。
幕府将冈本大八打入大牢，严刑拷问，大八反咬一口，供出有马晴信勾结传教士和西、葡商人的诸多不法事。于是幕府将冈本大八以火刑处死，将有马晴信先是流放到甲州都留郡，进而勒令其切腹自杀——身为天主教徒的晴信不肯自尽，命令家臣将自己刺死了。
以“冈本大八事件”为导火索，德川家康对天主教的反感变得更加强烈，不久后就下达了第一次“禁教令”，在幕府直辖领地和有马氏的旧领中严禁传播和信奉天主教。庆长十七年（1612年）八月，禁教范围扩大到日本全国，各地教堂陆续被破坏，日本籍天主教徒纷纷遭到逮捕，被强迫改变信仰。不肯改变信仰的教徒遭到游街、流放和处死的命运——其中一百四十八名被流放马尼拉，包括著名的切支丹大名高山右近、内藤如安等人。
到了元和二年（1616年）八月，二代将军秀忠颁布了第二次“禁教令”，对天主教徒进行残酷迫害，很多人因为不肯改变信仰而被活活烧死，史称“大殉教”。元和六年（1620年），又发生了“平山常陈”事件，标志着日本正式开始“锁国”体制。
平山常陈本是一艘朱印船的船长，因为坐船为中国式平底船，在从马尼拉回归日本途中，被荷兰船误认为是中国船而遭到逮捕。在搜查平山船的时候，荷兰人意外地发现了两名西班牙传教士，于是如获至宝地进献给德川幕府。幕府经过审讯后，将平山常陈和两名传教士全都处以火刑，其余十二名船员也尽皆处死。
从此宗教迫害扩大为贸易限制，葡萄牙人首先遭到驱逐，然后是英国人，最后在宽永元年（1624年）严禁西班牙船只来航。日本船只除朱印状外，还必须得到“老中奉书”才许出海，居住在外国的日本人也一律严禁归国，归即处死。
日本就此基本断绝了南蛮贸易，唯一例外的是荷兰人，荷兰东印度公司在日本设置了分公司，向幕府保证绝不传播基督教，同时荷兰商船一到日本，商馆馆长立刻向幕府提交《荷兰风说书》，报告海外情况。但即便是荷兰人也只准在长崎的出岛建造商馆，而不得踏入日本内地一步，就连中国船也只准停泊在长崎港，可以说，整个日本只有长崎一地是半对外开放的，幕府通过直接统治长崎而垄断了所有对外贸易。
有压迫，必然就有反抗，惊世骇俗的“岛原、天草之乱”就在这种禁教锁国的背景下爆发了。
岛原、天草之乱
肥前国的岛原半岛，本属外样大名松仓氏所领，当时的松仓氏家督为松仓胜家，是个冷酷无情而又贪得无厌的家伙。三代将军家光在位的宽永十四年（1637年）秋季，岛原半岛及其南方的肥后国天草群岛闹起了大饥荒，可是松仓胜家仍然按照旧例征收年贡，并将交不起年贡的数名农民残酷处死。
农民们生活在死亡边缘，已经沉寂很久的天主教信仰随之再度抬头，秘密信教以逃避残酷现实的百姓越来越多。此事为松仓胜家所查知，就在领内搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他们举行“踏绘”的仪式。所谓“踏绘”，是指将刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑为教徒者用脚去踩，肯乖乖从命的定非天主教徒，或者虽是教徒却有心悔改，否则就将被处以火刑。这种方法并非松仓胜家所创，而是幕府搞出来并到处推广的无聊花样。
阶级压迫和宗教迫害双重利刃就此加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。十月二十日，岛原有马村纷起一揆，杀死了松仓氏的代官林兵右卫门，并且攻破藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。
二十七日，天草群岛也爆发一揆，与岛原一揆南北呼应。天草群岛乃是肥前国唐津的谱代大名大久保氏的飞地，唐津藩的代官三宅重利领兵镇压暴乱，却于十一月十四日被一揆打败，身首异处。天草一揆进而包围了富冈城。
消息报至江户，德川家光将军大为恼火，立刻派遣重臣板仓重昌前往九州，纠合附近诸侯前往征伐。岛原、天草的一揆闻报，结合为一，后退到已经废弃的原城，笼城固守。根据近年来的考古发现，原城在“岛原、天草之乱”爆发前，很可能虽被废置不用，基本的土垒木墙还没有被扒平，这就给了一揆军一个很完美的根据地。
有趣的是，一揆军的首领却是一个年仅十六岁的少年，俗称为天草四郎时贞（SNK著名刀剑格斗游戏——《侍魂》BOSS之一）。据说这位英俊少年乃是上帝派遣来拯救生活在水深火热之中的日本天主教信徒的，具有莫大神通，教徒们无不尊奉他为“天人”、“天使”，一切都唯四郎时贞马首是瞻。
天草四郎，某些记载中也写作大矢野四郎或者江部四郎，据考证，他原本的苗字应该是益田，乃是小西行长的家臣益田好次之子。本名益田时贞，父亲益田好次是小西行长的家臣。后来时贞被过继给天草甚兵卫，改名为天草时贞。天草自小聪颖过人，有神童之称，且外表俊秀。有一位相士曾对天草说：“阁下面相尊贵，本应掌握天下，只可惜生在德川时代，难成大事。” 关原合战后小西行长被斩首，领地遭改易，家臣们纷纷四散成为浪人，据说四郎时贞从小就居住在长崎港，虔诚地信奉天主教，并向旅居日本的荷兰人学习过西洋医术——所谓神通广大，能活死人，肉白骨，大概不是完全的空穴来风吧。
且说板仓重昌来到岛原城中，集合了包括松仓胜家、锅岛胜茂、有马丰氏等周边诸侯，集合兵马，向原城发起了猛烈进攻。重昌一开始并没有把一揆放在眼里，认为那些作乱的农民无拳无勇，根本不懂打仗，如何会是幕府军的对手？然而一连发起两次总攻都未能得手，己方反而损失惨重，重昌不禁涔涔汗下，意识到原城中定有深通兵法之人存在。
北九州地区乃是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在“大殉教”后都被迫潜伏了下来，趁着这次动乱再度抬头。因此固守原城的并非仅仅数万农民，其中也掺杂了很多信奉天主教的浪人——四郎时贞首先是这些浪人们的领袖。
翌年是宽永十五年（1638年），元旦之日，板仓重昌硬着头皮发动了第三回总攻，却在原城下身中流弹而亡。一揆因此士气高昂，到处都传说着岛津、伊达等强藩将在呼应而起，一举消灭迫害天主教徒的德川幕府的谣言。而将军家光则又派来了第二名联军统帅，那就是一门众重臣松平伊豆守信纲。
松平信纲素有智谋，人称“智慧伊豆”，他在仔细观察了前线形势以后，认识到原城防御坚固，一揆作战英勇，绝对不能硬打硬攻。于是信纲就指挥着黑田、锅岛、立花、细川、水野、有马等十数家诸侯联军，从陆路将原城牢牢地封锁住，断绝补给，想要把一揆全部困死，饿死。
四郎时贞还期望长崎的荷兰人前来救援，然而在松平信纲的指使下，荷兰炮船却于一月十一日开到原城附近的海面，然后向城内连开数炮。这一方面是告诉城内一揆，海上也已经被幕府封锁，休想有一个人可以逃走，另方面也是希望从心理上瓦解一揆的斗志——天主教有何可信？上帝又有什么用？同样信奉所谓“上帝”的荷兰人，不也是你们的敌人吗？
松平信纲的策略取得了效果，原城中粮草越来越少，一揆被迫开城夜袭幕府军阵营，因为信纲早有防备而遭到惨败。不仅如此，松平信纲通过审讯俘虏，了解了城中的内情，遂于二月二十八日展开了第一次总攻击。
在一揆势的拼死抵抗下，幕府军付出了死亡三千人，受伤上万人的重大代价，然而原城终于还是被攻陷了，城内剩余的两万余人，不论男女老幼，全都遭到残酷的屠杀——四郎时贞等人也在其中，几乎没有一人能够逃得性命。
“岛原、天草之乱”乃是对幕府和诸藩横征暴敛，以及迫害宗教信仰的大反抗，但它的失败也促成了幕府锁国体制的最终完成。此外在战后，德川家光鉴于武家法度中规定诸藩不得幕府指令不得向外用兵，导致镇压暴乱的行动迟缓，遂将相关规定加以了修改。
