允许个人选择并非国家认可的宗教信仰形式的政策。
启蒙运动的一个标志在于人们广泛要求宗教宽容，并且形成了要求国家支持这种改革的政治理论。这场改革运动在不同程度上取得了成功。启蒙运动结束时，欧洲主要国家及美国都正式实行了宽容政策。因此，启蒙运动的重大成就之一就是开创了一种政治理论和相关的博爱观，使各国不再把宗教迫害作为控制公民行为的手段。
启蒙时代开启之际，欧洲的宗教组织多半表现出教会与国家之间的密切关系。统治者通常力图确保其臣民只信奉一种信仰，要么是罗马天主教，要么是某个新教教派。宗教信仰的选择界定了个人的身份，统治者人为宗教信仰具有不容忽视的政治意义。拒绝遵奉国教的人，不论是犹太人还是某种不受欢迎的基督教教派的信徒，经常会遭到迫害。
以法国为例，成为胡格诺派得法国加尔文教徒的婚姻往往被宣布为无效，这种婚姻所生的孩子被剥夺了继承权。胡格诺派牧师遭处死，普通的信徒被投入监狱或终生罚作苦役船工。在西班牙、葡萄牙、意大利，罗马宗教裁判所迫害非天主教徒。在哈布斯堡帝国境内，匈牙利和其他地区的新教徒被迫皈依天主教。波兰政府极力迫使境内的新教徒皈依天主教。甚至像英格兰、尼德兰联省共和国、日内瓦这样存在有限宗教宽容的国家和地区，少数派宗教的信徒也会受到社会歧视。在英格兰，天主教徒、犹太人、新教不从国教者，被剥夺了圣公会教徒拥有的某些政治和公民权利。他们被挡在著名大学门外，不能出任官职，被排除在构成英国政治生活基础的地方市镇自治机关之外。日内瓦不但拒绝授予非加尔文教徒公民权，有时还剥夺他们的居住权。唯有勃兰登堡推行了名副其实的宽容政策，信奉加尔文宗的霍亨佐伦家族统治着路德宗的臣民，出于现实原因把宽容当作一项国策。
启蒙时代紧跟在一个宗教骚乱和宗教迫害时代之后，因此，早期的启蒙政治理论与宽容问题联系密切。在早期启蒙运动发源地的英格兰，洛克撰写了《论宽容的信札》，以回应因宗教争端所引发的社会和政治动乱。洛克提出著名的国家契约论也与对宗教和睦的渴望密切相关。同时，早期自然神论的理论家尝试创立替代宗教教条主义的学说，逐步阐述了理性的自然宗教。此后的启蒙学者往往及抨击狂热，又主张宽容。
与英国对宽容问题展开的最初的思想探讨相呼应，作为光荣革命和解的组成部分，1689年英国颁布了有限的《容忍法案》。这个法案承认非圣公会新教徒（不从国教者）的信仰，却未取消对他们生活方式的其他限制。直到19世纪，英格兰才推行了充分的宗教宽容，解除了对非圣公会教徒的权力限制。
宽容问题在路易十四统治后期成为关注的焦点。路易十四断定，王国内存在的不同宗教威胁到王室的绝对主义。为改变这一状况，路易十四下令废除了《南特敕令》，从而剥夺了法国加尔文教徒自1598年以来就享有的优先宽容。胡格诺教徒被勒令皈依罗马天主教。许多人服从了，还有许多人逃到尼德兰联省共和国、柏林、英格兰等安全地区。
路易十四死后，政府对法国人生活和思想的控制大为放松。在这样的氛围中，早期的启蒙哲学家着手探讨宽容问题。18世纪，争取宽容的运动势头大增，反教权主义、改革呼声以及对宗教信仰的批判等法国启蒙运动的重要内容无疑声援了宽容运动。伏尔泰的名字通常与宽容问题联系在一起，重农学派和杜尔哥等重农主义追随者也拥护宽容思想。在法国革命前夕的为纪念台，宽容运动终于赢得了官方的承认。1787年颁布的《宽容法令》授予法国新教徒公民权，废除了针对其婚姻的禁令。1784年，另一项法令取消了法国犹太人必须缴纳的各种特别税。
法国革命最终切断了阻碍宽容事业的罗马天主教与世俗国家的联系。然而，在最激进的革命阶段，革命领袖以彻底的世俗化和最高存在崇拜——一种人为的国家理性宗教，来代替传统的宗教仪式。这样，他们就以理性、人类进步的名义助长了对各种传统宗教信仰的不宽容。
启蒙运动初期，中欧德语地区官方对于宗教多样性表现出不同的态度。除普鲁士外，大多国家以宗教归一为目标。随着启蒙运动的深入，普鲁士的例子表明，并非只有推行宗教统一才能确保对国家的严密控制。对中央政府来说，宽容似乎还有很多实际的好处。与此同时，莱辛、门德尔松等德国作家不断呼吁以道德和理性为基础的宽容。德国境内星罗棋布的共济会强调人类普遍的手足之情，为宽容提供了哲学上的支持。
1781年，宽容运动在奥地利取得进展，哈布斯堡荒地约瑟夫二世颁布了《宽容法令》，授予所有非天主教徒公民权。法令条文同时适用于新教徒和犹太人。法令取消了犹太人在衣着方面的限制以及只能住在犹太人聚居区的规定。
美国建国后，宗教宽容及政教分离的原则载入《美国宪法》和《美国人权法案》。各州可自行决定是否支持官方的教会，到1833年，各州都决定推行政教分离原则。
启蒙运动孕育出呼吁宽容的杰出文学作品：伏尔泰的《哲学辞典》、莱辛的《智者纳旦》、洛克的《论宽容的信札》。新的政治理论和道德哲学为政教关系的重大转变奠定了理论基础。普遍人权的呼声有助于营造出一种进行该的道德紧迫感。经济繁荣和稳定的现实考虑也表明，推行宽容乃是明智之举。这些因素的综合作用使启蒙时代成为激进变革的时代，要求人们把宗教多样性当作人类生存的一个正常要素。
