第94代天皇：后二条天皇（1285-1308，在位1301-1308）
后二条天皇是后宇多天皇的长子。
后二条天皇继位后，立伏见上皇的皇子富仁亲王为太子。这样基本形成了后深草天皇的持明院派和龟山天皇的大觉寺派轮流继统的局面。因为两派都想得到幕府的支持，所以都极力讨好幕府。
此时，后宇多上皇施行院政。1307年，他的宠妃死去，日本许多地区也发生灾荒、瘟疫，致使民不聊生，流离失所。持明院派乘机把天灾人祸的根由归咎于后二条天皇的治理无方，准备策划更换天皇。次年，后二条天皇夭亡，这场风波才算平息。后宇多上皇经不起双重打击，不由看破红尘，跑到大觉寺落发出家。持明院一系的富仁太子登基为花园天皇。