☆西历2000年9月13日☆“第二次冲击”发生
在南极大陆上发生了一起给地球带来巨大浩劫的异变。立时，海面水位上升，
地轴扭曲，天灾四起，经济瓦解……几日内，世界人口锐减了二分之一……
南极，成为了宁静的残亡地域。
人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。饱受了惊惶与疲劳
的人们，将这场灾难沉重的浩劫，称之为“第二次冲击”（SECOND IMPACT）。
公元2000年8月，葛城考察队到达南极，他们发现的巨大人形生命体，实际上是Adam与Lilith的融合体。葛城的计划是攫取或控制Adam与Lilith的S^2机关，将Adam与Lilith分离并缩小后用于人类未来的补完计划。但是有件事他不知道，Adam与Lilith无论是融合还是分离都会释放巨大的爆炸能量和反ATField力，这就与核聚变与核裂变都会产生大爆炸与冲击波的原理一样，只是爆炸当量不同。所以尽管Adam与Lilith分离所造成的灾难不会灭亡全部人类，但却将杀死地球上的一半人口。而十六年后的第三次冲击是Adam与Lilith的重新融合，整个世界都将再劫难逃了。
一无所知的葛城继续他的分离实验，甚至将自己的女儿也带在身边。九月十二日，得到Seele指示的碇源渡携带资料离开南极，第二天实验便以一场大爆炸告终。强大的反ATField力唤醒了第二使徒，即那张模糊的照片上发出白光的巨人，它张开的巨大翅膀覆盖了整个南半球，魔鬼般的咆哮声中南极化为一片血海，巨大的海啸数小时内就淹没了大片陆地，使数以亿计的人丧生。在这场末日灾难中，只有葛城美里被其父亲奋力解救逃脱，碇源渡随后返回南极顺便救起了她。但碇源渡的主要目的是回收Adam、Lilith、第二使徒，只有朗基奴斯枪被留了下来（患上失语症的葛城美理被关在一艘南极考察船上近两年，似乎回收工作持续时间很长）。第二次冲击引起的连锁灾难直到2002年才渐趋平静下来。地球上的气候也变得怪异，如日本就变成全年皆夏，无论何时都听到蝉的叫声，这恐怕是因为地轴偏转的缘故。
Seele从死海文书中知道第二次冲击唤醒的不光是第二使徒，实际上所有使徒都已苏醒，只是它们还需要一段时间来积蓄能量（第二使徒就是因为能量不足而被制服）。Seele经过调查还发现，冲击发生那一天有一个孩子诞生时有奇怪的现象伴随发生，这个孩子的名字叫做渚薰，于是连忙将他监控起来。这个孩子尽管被教育成非常有修养有魅力的人，但是他时时刻刻都没有忘记自己的真实身份与诞生目的，那是他自由与死亡的宿命..........
国联正式发表公告，称 9月13日世界规模的大灾害，是由于有10%光速的大
质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击
……
现实，毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成
的光影中，有一个巨人般的影像……也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中
心，有数对巨大的翅膀……
☆2001年☆碇真嗣诞生
碇真嗣诞生， 并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生，这与“第二次冲击”
的关系是……
☆2003年☆人工进化研究所设立
国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了人工进化研究所……
☆2004年☆真嗣的母亲唯在实验中消失！
实验的当天，在幼小的真嗣面前，发生了这场事故……
☆2008年☆赤木律子开发“E计划”
跟随着母亲尚子,律子加入研究所，成为“E计划”的主要执行人。
☆2010年☆MAGI系统完成，开发人赤木尚子死亡
NERV的中枢电脑－－MAGI完成的当日，开发者赤木尚子死亡。人工进化研究所
经过改编，成为了新的秘密组织－－NERV。
☆2015年☆使徒袭来！
NERV本部所在的第三新东京市，受到来历不明的巨大生物体的攻击，此时，在
已封锁的街道上，有一位彷徨的少年……
☆剧场版
第一部“シト新生”（使徒新生），1997年3月15日初映。
第二部“Air/まごこるを、君に”（Air/真心地、对你），
1997年7月19日初映。
第十七使徒被消灭后，NERV的工作似乎已经结束，各个部门的职员们正在祥和
的气氛中谈论以后的去向。这时，NERV本部突然遭到了战略自卫队（后简称战自）
的袭击。原来战自得到消息称NERV企图引发“第三次冲击”，于是他们标榜着“保
护全人类”的口号对NERV的工作人员进行了惨无人道的大屠杀。
杀死了渚薰以后，碇真嗣无法再振作起来，整天沉浸在痛苦的思考中，无心去
应付战自以及来自人类补完委员会的EVA量产机的攻击……
精神崩溃了的明日香失去了生存的意志，但当受到战自的威胁、生命危在旦夕
的瞬间， 她感受到了EVA机中母亲的存在，并在驾驶舱内见到了母亲的笑颜。突破
了心之障碍的明日香觉醒过来，与战自以及EVA量产机展开了殊死的战斗……
为了与碇唯再会而被制造出来的绫波丽，在与碇元渡约定之时，来到了NERV底
层中央教条的红色水池边。无论是作为容纳碇唯灵魂的容器或是“人类补完计划”
的道具，她的命运也会就此结束（再生？），而已感到自我灵魂存在的丽的抉择是
……
在战自的攻击之下，葛城美里不但要完成加持良治未完成的对“第二次冲击”
真相以及“人类补完计划” 的探查工作，还要保护真嗣与明日香以及防备SEELE对
初号机与二号机的物理接触，她的忙碌直至被战自的流弹击中为止。
出于对碇元渡的憎恨， 赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，但拥有赤木尚
子思维方式的MAGI选择了碇元渡而放弃了自己的女儿，拒绝了自爆的提议。之后，
律子被元渡射杀……
根据 “里死海文书” 所记载的－－十数年后一定会引起 “第三次冲击” ，
SEELE需要所有的EVA去完成“人类补完计划”。他们一方面告知战自NERV企图引发
“第三次冲击”，挑动战自攻击NERV，另一方面指挥量产机与EVA作战。SEELE使用
如此残虐的手段，其目的是－－改变人类物质存在方式的通过仪式……
长期与SEELE共事的碇元渡、冬月幸增、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，
将人类引导入“新的世界”而酝酿了他们自己的“人类补完计划”。碇唯于2004年
作为“被试验者”在试验中消失，十年后，元渡与冬月希望通过丽与莉莉斯的融合
去补完人类，但在那之前，元渡希望能与碇唯相聚……
“人类补完计划” 实行－－除真嗣与明日香之外，全人类失去了物质形态与A
·T·FIELD……