安徽淮南人，1958年2月18日出生，中共党员，大专学历。1976年2月参加工作，历任北京空军某部医院司药、医助、军医；1987年转业到中国藏学研究中心；1991年中心聘任为主治医师; 1992年,出任北京藏医院院长至今。在部队期间，曾多次受到嘉奖，两次荣立三等功。
在社会工作方面，黄福开于1986年参加炎黄传统医学研究所工作，受聘为副所长，并创办炎黄传统医学培训学校，首任校长；任国家卫生部主办《健康大视野》杂志副主编；黄山医科大学客座教授；北京藏医民族医药研究所所长、中国民族医药学会常务理事、副秘书长等。
黄福开出身于中草药之乡，自幼身受中医文化熏陶，在中医针灸、手法治疗方面有深厚的造诣。自1987年调入中国藏学研究中心以后，黄福开主要从事临床医学及藏医、民族医的研究工作。他在治疗许多疑难病方面有自己独到的见解。多年来，他采用针灸、手法治疗颈腰椎病，赢得盛誉，并应用藏医理论对心脑血管病、哮喘病、各种脑病进行了深入的研究，用藏、中、西医结合治疗小儿弱智、脑瘫、老年性脑病、哮喘取得了丰硕成果。他在全国民族医院中第一个提出民族医院要走专科专病的发展道路，先后在国家级报纸和杂志上发表20余篇有较高学术价值的论文，并出版了学术专著。中央电视台、中央人民广播电台、人民日报、光明日报、北京电视台、科技日报、中华英才、健康报、中医药报等多家新闻媒体对他进行过专题报导。 黄福开凭借对藏医民族医研究的文化积淀和强烈的责任意识， 于1990年率先提出在首都北京创办藏医院、国家民族医院。经过两年的调研论证和多方努力，北京藏医院于1992年成立。经过十年的建设，北京藏医院发展、扩建为国家级民族医院。
黄福开发表的具有代表性的学术论文有《西部开发形式下中国民族医药五大发展战略》、《藏医与中、蒙医关系的研究》、《论藏药浴的学术内涵及其发展》等20多篇。
黄福开从事的主要科研课题成果如下：
1999年，黄福开组织调研、编制了北京藏医院《项目建议书》和《易地扩建可行性研究报告》20余万字。2000年，黄福开组织参加国家中医药管理局国家级课题《蒙医正典》的蒙译汉工作和《甘露四部》的编著工作，北京市中医管理局省级课题《蒙医正骨》、《蒙医震脑术》的科研工作；并参加了《敦煌古藏医文献精要》的编审工作。
2001年，北京藏医院藏医心脑血管专科被国家中医药管理局列为国家重点建设专科，黄福开任课题组组长。2003年，北京防治非典期间，担任藏医药防治非典专家组组长，参与组织了11次中医民族医防治非典学术会议，主持拟订藏医防治非典方案，是“九味防瘟散香囊”等防非典藏药研制组的核心成员。
现在主要编纂《藏医药研究文集》（30万字）、《藏医药文献目录索引（1907-2001）》（15万字）、《中国藏药浴》（36万字）、《藏医养生图说》、《藏医诊疗图说》、《中国藏医学》（120万字）、《黄福开论文专辑》（20万字）等。