北京大学赛克勒考古与艺术博物馆于1986年破土奠基，1993年5月27日正式开馆。本馆的藏品大致有四个来源：一、北京大学在1952年设置考古专业之前的收藏；二、前燕京大学史前历史博物馆的藏品；三、考古专业建立后从田野考古发掘现场带回来的教学标本；四、博物馆筹备期间各地文物、考古机构赠送或调拨的展品。
早在1922年，北京大学研究所国学门便成立了中国最早的考古研究室，开展了一些田野考古工作并开始逐步收集古代文物。稍后，北京大学文科研究所成立，下设考古研究室，同时成立了博物馆专修科并建立了北京大学博物馆，收集了一些古物及民族学标本。1952年院校重新调整，北京大学历史系建立了考古专业，上述收藏便都归入了考古专业标本室。
前燕京大学也是较早收藏古物的学校之一，并成立了燕京大学史前博物馆。古人类学家和史前考古学家裴文中和日本考古学家鸟居龙藏都曾在该馆任职，帮助收集了不少古代文物标本。院校调整后也都归入北京大学考古专业标本室。
考古专业建立以来，先后在全国许多地方进行了田野考古工作，发掘了多处古代遗址其中较为重要的有陕西西安半坡、岐山与扶风的周原；河南洛阳的王湾、山西曲沃曲村、辽宁营口金牛山遗址等。上述发掘所得标本，绝大部分都存放在当地文物考古机构或博物馆，我们只选取了少量教学标本。这些标本都成为我们教学和陈列的重要资料。