官署名。中华民国初年护国战争中西南护国军在广东组织的临时政府性质的机构。护国战争爆发后,贵州、广西、广东、浙江等省相继响应独立。民国五年,即1916年5月8日,西南地区的滇、黔、粤、桂四省,在广东肇庆共同组建军务院,“权作西南临时政府”,指挥全国军事。遥尊黎元洪为大总统,以唐继尧为抚军长,岑春煊为抚军副长,梁启超为政务委员长,蔡锷、李烈钧、陆荣廷等和独立各省督军及统辖2万以上军队的总司令为抚军。因唐继尧不能离滇赴粤,由岑春煊摄行抚军长职权。这是西南地方军阀与部分国民党和进步党三派政治力量联合组织的与洪宪政权相对峙的权力机构。袁世凯死后,黎元洪继任大总统,宣布遵守《临时约法》,召集国会。唐继尧遂于7月14日宣布撤消军务院。