广东协和神学院其前身是广州协和神学院，创立于1913年，为圣公会，中华基督教会、循道会联合兴办，故取"协和"（Union）之意。后来信义会、浸信会加入，曾一度成为岭南大学的一个学院，1962年停办。1986年复办神学院，为表示对神学院的历史传承和服务广东教会的宗旨，故取名为：广东协和神学院，英文名为;Guangdong Union Theological Seminary。
广东协和神学院初设于广州市东山堂内，1994年迁至于沙面原圣公会主教楼，2001年11月30日迁入现址，广州市白云区东平村新校园。
广东协和神学院复办时为二年制专科，目的是以最快的速度为教会培养传道人，后来改为三年制专科，目的是为教会培养素质高一点的人才。到目前为止，神学院培养了300多名毕业生，大多数在广东教会中服务，少数在海南省和广西壮族自治区的教会中事奉。目前在校学生分三个年级进行教学。学院的生源主要是广东省。现有专职教师10位，全部为金陵协和神学院本科以上学历的毕业生，其中硕士研究生毕业的有五位，三位正在攻读博士学位。学院的图书馆藏书近二万多本。学院的费用主要来自教会的奉献和支持。学生的生活费来自当地教会的支持。
广东协和神学院招收的是高中毕业的学生，由当地教会推荐，由神学院出试题考试，需要经过笔试、面试、心理测试和体检这四方面的考核，择优录取，一般招收的人数是考生的1/2，男女生各占一半，他们在学院经过三年的学习，毕业后回当地教会工作，一般经过三年的学习事奉，可以被按立为牧师。