一灵独存，指修炼者的灵知和元性唯独存在。修炼达到一定层次后，心性明照，万念俱灰，留下来的只是灵知和元性，这种灵知和元性常存不灭，故曰独存。《玄机直讲》：“始将双目微闭，垂帘观照……，万念俱泯，一灵独存。”