唯识学派，又被称为瑜伽行派。
公元四、五世纪间，无著（约公元三三六-四〇五年）与世亲（约公元三六一-四四〇年）菩萨，作了许多论书，认为以阐释「一切皆空」思想的经典，为不了义说，在龙树、提婆菩萨之后，形成另一派学风，一直发展到公元九世纪初，秘密大乘佛教兴盛为止，与中观大乘并称为印度佛教的二大正轨，后人称之为瑜伽行派。此学派的重要论典之一：《瑜伽师地论》的成因，据《婆薮盘豆法师传》记载：无著上升兜率，请弥勒下降于印度阿逾陀国，演说《瑜伽师地论》，每夜开讲，连续四个月。在讲说时，唯无著可以见到菩萨，他人只能听到声音。因为此论，瑜伽思想广为弘扬。（这就是为什么说弥勒菩萨是属于这个学派的原因，至今唯识宗仍奉弥勒菩萨为祖师，可为证据。）因为创始人重视瑜伽行，瑜伽行派因此得名。世亲菩萨
造《唯识二十论》、《唯识三十论》，宣说“一切唯识所现”，所以又被称为唯识学派。
瑜伽学者不同意中观大乘「一切法皆无自性空」的思想，而主张一一法，都有其各个差别的不变特性，称为「自性」。立阿赖耶（种子）识，广说三相三自性：“遍计所执相”、“依他起相”、“圆成实相”；“遍计所执性”、“依他起性”、“圆成实性”，说于“依他起性”中，转染成净，成就离杂染的“圆成实性”。
瑜伽行派对佛教的另一个重要贡献，就是对因明学的革新，这是由世亲菩萨的弟子陈那完成的。主张立「现量」与「比量」二种量，以及立「宗」、「因」、「喻」三支，简化了旧有的三量（加圣教量）与五支（加合、结）。「现量」，是指经由自己亲身体验所证知的。「比量」，是指经由自己的推理，所获得的正确知识（自比量）。若是以自己的证知，为了使他人了解而立量，则称为「他比量」。在「他比量」中，则以宗（就是结论，指自己的见解）、因（所持的理由）、喻（举出实例）等三支，类似西方逻辑的三段论法，来作为说服他人的模式。后来的随瑜伽行中观派，也深受其影响。
在龙树与提婆菩萨之后，公元三、四世纪间，中观思想在如来藏思想，以及无著、世亲菩萨的唯识瑜伽思想发达的环境下，显得相当衰弱。公元六世纪，有佛护（公元四七〇 -五四〇 年）以及清辨（公元四九〇 -五七〇 年），主张「一切法无自性空」是了义说，以中论思想的立场，与主张「一切法无自性空」为不了义的瑜伽思想相抗衡，是为中观学的复兴。但当时，在瑜伽行派兴盛的环境下，清辨的思想，受其影响而有了改变，认为在世俗谛中，应采取瑜伽行派的说法，主张缘起法应该是有自性的。因为有「自性」的存在，所以论辩的双方，可以在这个「自性」的基础上，达成共识，因而认为在论辩上，应该「自立量」，亦即必需提出自己的主张，才能评破别人的见解。因此，后人称清辨这一派，为「自立量论证派」。佛护则坚守龙树、提婆菩萨「一切法无自性空」的思想，不认为在世俗谛中的缘起法有自性，也不认为论辩的双方都能达成共识，所以采取「破而不立」的论辩立场，不提自己的意见，只从对方的主张中，找出他的矛盾与错误，而加以瓦解。后人称佛护这一派，为「归谬论证派」。
佛护的这一派学风，在月称（公元六〇〇 -六五〇 年）以后就衰微了。反而是寂护（约公元六八〇 -七四〇 年）及其弟子莲华戒（约公元七〇〇 -七五〇 年
），继承清辨的学风，而进一步在世俗谛上，与瑜伽行派的唯识说合流，主张「世俗唯识，胜义皆空」，而有更长远的影响。后人称寂护这一学派，为「随瑜伽行中观派」。寂护与莲华戒，后来进入西藏弘法，论破早先由中国唐朝传入的佛教系统，奠定了目前西藏佛教的基础。
P.S.以如来藏思想为核心的真常大乘，说有真实的、不空的如来藏作为染净的本源，成佛的根本。但这种思想因为没有形成学派和明确的传承，起于何时仍有争论。
