厦门大学台湾研究院前身为厦门大学台湾研究所，成立于1980年7月9日，是全国最早成立的台湾研究学术机构，系教育部与福建省共建单位。下设政治、经济、历史、文学、两岸关系5个研究所和院办公室、文献信息中心、《台湾研究集刊》编委会。2004年2月19日经厦门大学批准，厦门大学台湾研究所改制为厦门大学台湾研究院。在厦门大学台湾研究所的基础上， 吸收本校七个系、所和校外八个院、所的学术骨干，重新组建的与国台办共建的国家级重点研究基地。拥有专职研究人员15名，兼职研究人员15名，其中教授21名，副教授9名， 形成以中青年学术骨干为主的结构合理的学术梯队。现有经济学科、法学学科、历史学科的6个博士点和政治学科、管理学科、文学学科等7个硕士点，组成多学科的研究方向， 能承担中央和国务院台湾事务办公室交给的各项重要的研究课题，完成教育部下达的重大科研项目，产出重大的研究成果，培养出高素质的一流人才，能为各级政府和社会各界提供咨询服务和成为全国高校的学术交流和资料信息基地。
台湾研究中心坐落在厦门大学美丽的校园内，拥有独立的6层研究大楼一座，总面积 1700平方米，内设30间研究室和图书、报纸、期刊、计算机信息四个资料库每位研究人员均配备了计算机，并建立了局域网、国际互联网台湾研究网、台湾研究数据库及全文检索系统。资料室收藏台湾出版图书1万7千多册、台湾及外文期刊230多种、资料合订本1万3千多册， 是高校中最好的台湾研究资料中心。《台湾研究集刊》是高校系统内唯一向海内外公开发行的台湾研究学术刊物。
建院20多年来，台湾研究院以“历史地、全面地、实事求是地认识台湾，促进海峡两岸学术交流，为祖国统一大业服务”为宗旨，致力于台湾政治、社会、经济、历史、文学、法律、文化教育以及两岸关系等方面的研究。截至2003年底，全院共出版有关台湾研究的专著、论文集、资料集等122部，发表学术论文1800多篇。1988年以来，在国家以及教育部、省、市社会科学成果的各项评比中，本院撰写的著作、论文共获得优秀科研成果奖103项。本院主办的《台湾研究集刊》（1983年创刊），是全国最早创办的专门研究台湾问题的学术季刊，被海内外学术界誉为在台湾研究领域具有重大影响的权威刊物，已先后列入“中文社会科学引文索引来源期刊”、“中国人文社会核心期刊”、“中国学术期刊综合评价数据库来源期刊”，并于2001年入选“中国期刊方阵”，目前《台湾研究集刊》在影响因子方面，排在港澳台问题类刊物的第一位。
台湾研究院在进行系统的基础研究和理论研究的同时，注重开展现实问题的研究，不仅承担和完成国家和省部级的大量科研课题，还完成了各级对台工作部门委托的大量调研课题。
台湾研究院重视对外学术交流，与海内外学术文化界建立了广泛的学术交流与合作关系。研究院每年除接待大量的台、港、澳及外国的专家、学者及其他人士外，还经常选派科研人员及研究生赴境外进行学术交流。仅2002-2003年两年，我院就接待来自台湾的专家、学者及其他人士489人次，香港学者8人次，外国专家学者、记者及其他人士63人次，赴境外进行学术交流32人次；2000年至2003年四年就召开了13次学术研讨会，其中海峡两岸学者共同参加的12次。目前与我院建立学术交流交往或合作关系的境外学术机构主要有：台湾大学国家发展研究所，台湾政治大学中山人文与社会科学研究所、国际关系研究中心，台湾中国文化大学大陆研究所，台湾淡江大学大陆研究所、台湾中山大学政治学研究所、中山学术研究所、大陆研究所，台湾暨南国际大学公共行政与政策学系、台湾云林科技大学汉学资料整理研究所、台湾东吴大学政治系，香港大学政治与公共行政学系，新加坡东亚研究所，美国亚太安全研究中心，日本创价大学等。
台湾研究院现有中国近现代史（台湾史研究方向）、区域经济学（台湾经济和两岸经贸关系方向）两个博士点，以及中外政治制度、区域经济学、专门史、中国现当代文学等4个硕士点。
台湾研究院具有较好的研究条件，现拥有一幢面积1700多平方米的办公楼，文献信息中心收藏台湾出版的图书20000多册、超过400 G数据量的台湾《中国时报》光盘、报刊资料合订本13000多册、长年订阅台湾及外文报刊230多种。每个办公所都配备有计算机和电话，并已建立了院内局域网、台湾研究数据库及全文检索系统和各办公所的工作站终端，可与国际互 联网进行联接和数据传输。
台湾研究院于1997年和1999年先后被列为国家“211工程”的重点建设学科和福建省重点学科。以台湾研究院为母体组建的厦门大学台湾研究中心，荟集了全国研究台湾的精英，2001年入选为“教育部人文社会科学百院重点研究基地”。经过20多年的建设，台湾研究院已经发展成为具有较高的研究水准、较完整的研究领域、以中青年为骨干的全国台湾研究重镇之一。在科研队伍、研究成果以及在国内外的影响等方面，均居国内领先地位，在国际学术研究相关领域也享有较高学术地位。
台湾研究院的“十五”规划和2010年远景规划是，通过深化管理体制和科研体制改革，发挥多学科综合研究的优势，逐步形成台湾区域性综合研究的重点学科，把台湾研究院建成全国一流、世界领先的台湾研究基地，成为全国最好的台湾研究人才库、思想库和信息库。
