北京联合大学台湾研究院成立于2005年4月23日。其前身是北京联合大学应用文理学院台湾研究室、北京联合大学台湾研究所。长期以来，台湾研究所（室）本着“立足北京、服务中央、发展联大、突出应用”的宗旨，以国台办和市台办为依托，在北京市教委和北京联合大学的领导下，积极展开对台调研工作。
北京联合大学台湾研究所作为北京市涉台调研基地和国台办重点咨询单位之一，在过去的几年中完成了一批高水平的研究课题，包括：民进党执政状况研究、台湾岛内政治板块变化走势研究、两岸关系现状及发展走势研究、两岸经贸交流及其与祖国统一辩证关系的研究等。其中多项成果受到了国台办、市台办的表彰。同时，积极参加了一系列重大的学术交流活动，撰写了数百篇时事评论文章，接受了上千次新闻媒体采访，宣传了祖国大陆的对台政策，在“反独促统”的斗争中做出了贡献，并使台湾研究所成为北京联合大学对外交流的一个重要窗口。
新成立的台湾研究院由国台办原副主任唐树备担任名誉院长，台湾问题专家徐博东教授担任院长，并聘请了海峡两岸著名专家学者91人担任学术顾问和客座教授、校内相关专业的学者18人担任兼职教授。目前研究院有专职人员12人，外聘人员5人，下设四所一室一中心，即两岸关系研究所、台湾经济研究所、台湾文史研究所、涉台事务研究所、院办公室和信息资料中心。研究重点为当代台湾政治和两岸关系、中（大陆）、美、日、台关系，兼顾研究台湾经济、社会和历史文化等领域的重大问题，总结祖国大陆涉台事务工作经验，培训涉台工作干部，促进海峡两岸的交流与合作，为政府涉台部门提供决策咨询。
