在实行农业家庭承包经营过程中，农业生产合作社等农业集体经济组织与其成员为了发包、承包集体所有的土地等生产资料以及依法确定给农户集体长期使用的国有自然资源，明确相互的权利义务关系而订立的协议。一般可按承包项目划分为耕地、果（茶、桑）园、林木、水面、草原、荒地、农业机械、水利设施等承包合同。农业承包合同一经签订，即具有法律约束力，农村承包经营户的合法权益受法律保护。合同双方虽有组织与成员的关系，但在合同签订后直到合同终止的合同履行期间，在涉及合同内容时，双方的地位是平等的。农业承包合同与一般的经济合同如财产租赁合同，有着显著的区别。①双方的关系不同。出租人对承租人的经营状况概不负责，租金则完全由出租人自享；承包人只是一个相对独立的商品生产者，承包金则由包括承包人在内的本经济组织全体成员共享。②权利让与的程度不同。出租人只对租金和财产的完整无损有要求，承租人有较充分的经营自主权；发包人不仅对承包物的使用方向、使用方式有要求，而且对于利用率和产生率都有要求，如承包人不得荒芜土地、粗放经营等，承包人经营自主权远没有承租人充分。③出租人和承租人的经济关系完全基于市场法则，而发包人与承包人双方的经济关系则取决于集体经济组织内部的积累制度和分配原则，带有福利性质。集体经济发达的地方，承包人可以免交承包金，有的甚至不仅免交承包金，而且承包人还可以从集体那里领到一笔补贴。
国家规定的行政管理机构按照国家的授权范围，根据法律、政策的要求，运用指导、组织、监督检查等行政手段，促使农业承包合同当事人依法签订、履行、变更、解除农业承包合同和承担违约责任，制止和查处利用农业承包合同的违法活动，称为农业承包合同管理。由于农业承包合同数量多达3亿份以上，而且季节性强，情况复杂，农村合作经济经营管理部门已被授权为农业承包合同主管机关。农业承包合同管理机关的主要职责是：①宣传普及有关法律、政策。②指导农业承包合同的签订。③负责农业承包合同的签证，管理合同档案。④指导合同的变更、解除。⑤监督农业承包合同的履行。⑥农业承包合同仲裁委员会负责农业承包合同纠纷案件的调解或仲裁。
农业承包合同管理机关处理合同纠纷案件，应当在查清事实、分清责任的基础上，根据国家的法律、法规和政策的规定，先进行调解，调解不成的，进行仲裁。①合同纠纷调解。合同发生纠纷后，双方当事人不能或难以自行协商解决的，合同管理部门可根据当事人的申请，通过说服教育的办法，使双方当事人明辨是非，消除分歧，自愿达成新的协议，这种方法不经仲裁，不经审判，不用强制，是在自愿的基础上解决纠纷，符合广大农民的愿望，也是目前解决大部分农业承包合同纠纷的主要手段。在调解时，遵循以下原则：a.自愿原则。调解在双方自愿的基础上进行，任何一方不同意调解，不能强迫调解。调解时，双方充分发表意见、充分协商，在双方互相谅解的情况下使纠纷得到解决。b.合法原则。农业承包合同依法成立，就具有法律约束力。因此，调解承包合同纠纷不得违背法律、法规、政策，不得损害公共利益和他人利益，并且要依法达成调解协议。②合同纠纷的仲裁。合同发生纠纷后，协商不成，调解也不能达成协议，根据当事人一方的申请，由承包合同管理机关裁决处理。裁决后，由合同管理机关写出仲裁决定书。当事人对仲裁不服的，可在接到仲裁决定书之日起30天内，向人民法院起诉；期满不起诉者，仲裁决定书即生效。这种方法，既不同于调解，也不同于法院的判决，它是对合同纠纷进行法律性质解决的一种行政措施。既有自愿的一面，也有强制的一面。农业承包合同仲裁遵循以下原则：a.坚持先调解、后仲裁的原则。b.坚持以事实为依据，法律为准绳的原则。c.坚持当事人双方在适用法律上一律平等的原则。
订立农业承包合同，有下列情形之一的，为无效合同：①违反国家法律、法规和政策的。②损害国家、集体或者他人利益的。③违反农业集体经济组织章程、农业集体经济组织成员大会或者成员代表大会决议的。④发包方无权发包的。⑤滥用权力或者采取欺诈、胁迫等不正当手段订立的。无效农业承包合同由农业承包合同管理机关和人民法院确认。无效合同从订立时起，就没有法律约束力。农业承包合同被确认无效后：①尚未开始履行的，不得履行，发包方依据无效合同预先取得的承包金或者集体提留，应当退给承包方。承包方依据无效合同占有、使用的承包物，应当退给发包方。②正在履行的，按照有利生产、减少损失的原则，由无效合同的确认机关确定停止履行的时间。确认合同部分无效的，如不影响其余部分的效力，其余部分仍然有效。合同双方，一方有过错，应当赔偿对方遭受的经济损失；双方都有过错，则各自承担相应的责任。
