早在宋梁克家所著的《三山志》中，便有关于福清“少林院”的记载。但长期以来，少林院究竟在何处，一直是个谜。1993年，在福清东张镇少林村，人们终于发现了少林院遗址。
1995年省、市考古队开始进行考古发掘。结果表明：少林院依山势而建，呈阶梯状分布，院的七殿进深175米，主座及两帝厢房宽67.5米，占地面积约1.18万平方米。其中出土的20多件瓷器上刻写或墨书有“少林”、“少林院用”、“少林大王”、“少林常住”、“少林会司”等到字样。
此外，在遗址周围发现刻有“少林当山僧……”“少林院沙门……”的石盂、石桥板，以及石药臼、石槽、石碑等数百件文物，还有和尚墓——北宋时期典型的四方塔林。在发掘中，考古工作者了解到：遗址第三层出土的文物属于南宋时期，第四层的则属于北宋时期，说明少林寺的繁荣是在两宋时期。