北仑河口海洋自然保护区位于我国大陆海岸的最西南端,地处广西防城港市管辖的防城区和东兴市海域,地理坐标为21度 31分 00秒 -21度 37分 30秒 N,108度 00分 30秒 -108度 16分 30秒 E,面积11927公顷。其中核心区面积4865公顷、试验区面积7062公顷。由西到东保护区跨越北仑河口(河口)、万尾岛(开阔海岸)和珍珠港(港湾),海岸线总长105公里。沿岸6%为沙质海岸,15%为淤泥质海岸,19%为基岩海岸,60%为人工海岸。整个保护区背靠十万大山,南濒北部湾;北面以低山丘陵为主。