小三通是指台湾当局在两岸未能事先磋商的情况下于2000年12月13日单方面批准的《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》，俗称“小三通” ，并决定于2001年1月1日开始实施。根据《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》，凡设籍金马地区满6个月以上居民，得申请赴对岸观光、旅游与从事商务活动。而大陆地区人民得经由金马地区亲友或旅行社，申请赴金马地区进行旅游、商务、探亲或探病奔丧；每年将允许一定数量的大陆同胞到金门和马祖访问，最长逗留时间不超过七天；明确规范开放大陆地区物品准许输入金、马两地的项目，并予免关税优惠,但现阶段仍禁止大陆货物经金、马两地转运往台湾地区，违者将依海关缉私条例惩处；“小三通”试办期限为一年。
2001年1月1日，新年伊始，单方面实施“小三通”的台湾当局就迫不及待地导演了一出“硬闯厦门”的闹剧，结果以“海安号”首航失败而草草收场。但2001年1月2日来自金门、马祖的民众访问团、进香团则分别直航厦门、福州成功，完成了两岸分隔五十多年来的首次客轮直接通航。
台湾当局的这一计划纯属政治手腕，虚张声势，其真实目的是摆脱在大陆政策上的困境，换取时间，回避“一个中国”原则。所谓的“小三通”没有任何实际意义，因其没有提供任何行之有效的方法来改善两岸关系。对大陆而言，根本不存在“小三通”的问题，事实上，金、马与福建已进行了多年的小额贸易，双方早就已经通了。如今台湾当局将之“除罪化”，对台湾来说仅具宣传上的意义，只能满足金、马少数民众的需求，对于台湾内部广大民众和工商界直接“三通”的需求，根本无法满足。台湾新党“议员”冯沪祥也说，“小三通”计划只是“单向三通”，而非真正意义上的“双向三通。”
小三通于2001年1月1日，海峡两岸实施的小型三通模式，实现两岸小规模的通商﹑通航和通邮。
背景自从中华人民共和国在1949年成立，中华民国国民党政府迁台之后，蒋介石的政府宣布停止台湾对大陆的一切形式的通商﹑通航和通邮。期间两岸居民被禁止往来长达近40年，中间亦发生数起两岸间的劫机事件。
及后在1980年代中国大陆改革开放，首先引进香港的投资者到内地设厂生产，令中国大陆沿岸地区经济“先富起来”。1987年大陆放宽台湾居民以探亲名义到中国大陆，两岸民间的交流渐见繁忙。由于福建省和台湾只隔一水对望，地缘关系使很多台湾人到福建省探望被分隔多年的宗亲。
小三通构想基于当时两岸仍在意识形态上有重大的分歧，重现三通的机会极微，但实际上两岸居间在福建沿海和金马地区早已有经济上的交往。1992年3月中国福建省提出“两门对开，两马先行”的“小三通”构想。这是由于“两门”（即大陆的厦门和台湾的金门）和“两马”（即大陆的马尾港和台湾的马祖）均只是相距咫尺的地方，在此进行小规模的“三通”是可以说是在当时的限制中，带来有利于两岸民间发展的办法。
初步的小三通构想，是在马尾﹑厦门﹑湄洲湾兴建供两岸直航的专用码头，在厦门﹑金门两岛间铺设海底电缆，和准许到大陆的台湾人在福州﹑厦门两机场办落地签证。
小三通的实施小三通——通商
1994年1月由中国大陆片面地实施《关于对台湾地区小额贸易的管理办法》，指定福建﹑浙江﹑江苏﹑上海﹑山东等东南沿海口岸，由台湾居民和大陆对台小额贸易公司进行“小额贸易”，“小额贸易”并不等于一般性的进出口业务。大陆当局将这种小额贸易定性为非官方的直接贸易和经交流。
小三通——通航
1994年6月由金马爱乡联盟提出《金马与大陆小三通说帖》，表达希望能以“单向通航”﹑“定点直航”或“先海后空”﹑“现货后客”等方式，渐渐进行小三通。
1997年4月19日，两岸开始进行高雄与福州﹑厦门间的“不通关﹑不入境”的境外通航。
及至2000年3月21日，台湾的立法院通过《离岛建设条例》第18条，订明“为促进离岛（指澎金马地区）发展，在台湾本岛与大陆地区全面通航之前，得先行试办金门﹑马祖﹑澎湖地区与大陆地区通航”（俗称小三通条款），条例于同年4月5日实施。
2000年12月13日，台湾行政院根据《离岛建设条例》通过《试办金门马祖与大陆地区通航实施办法》，以作为小三通的管理依据。并于2001年1月1日开始实施，定点定时的货客运通航。金厦“小三通”第二条航线2008年8月31日开通，航程仅半个小时，以及五通距离厦门高崎国际机场近的优势，便利中转到大陆各地的台商和旅客。水头往返五通航线是金门“小三通”自2001年1月2日启动以来，继金门往返厦门东渡码头、泉州石井港之后的第三条客运航线，也是金厦之间第二航道。目前有“金门—厦门”、“马祖—马尾”、“金门—泉州”的小三通固定航班。
小三通的影响两岸本来希望透过小三通作试点，令两岸全面三通能够恢复过来。可是，基于自台湾李登辉时代后期的戒急用忍政策转向，和继任的陈水扁政府对中国大陆的态度，导致大陆海协会和台湾海基会的磋商陷于瘫痪，使得小三通未能引发全面三通。而小三通初期的相关配套措施，也因太匆促而不够完善，导致使用者对小三通怨声载道。而政府目前限制只有特定人士才能循小三通往返两岸。
不过，小三通的确能够加强福建和台湾之间的民间交流，可说是为日后的台商包机开设先例。从2001年开航以来，因为节省旅费旅程，逐渐成为台商往返两岸的捷径。2001年的旅客数只有2万人次，目前成长到2005年的50万人次。
金马的经济
小三通对于金门马祖的经济其实没有想像中的大，因为经由小三通往返两岸者大多只是把金马当成中继站，并没有在当地消费。
