高效毛细管电泳(high performance capillary electrophoresis，HPCE)是以毛细管为分离通道，以高压直流电场为驱动力，根据样品各组分之间迁移率和分配行为的差异，而实现分离的一种新型电用技术。
分离模式：
毛细管区带电泳、毛细管等速电泳、毛细管等电聚焦电泳、毛细管筛分电泳(capillary sieving electrophoresis，CSE，包括毛细管凝胶电泳和无胶筛分电泳)、胶束电动毛细管层析、毛细管电层析、毛细管亲和电泳(affinity capillary electrophoreis，ACE)以及各种各样的衍生方式。
影响高效毛细管电泳分离的主要因素：
①毛细管 毛细管的管径、管长、不同的涂层厚度对分辨率均有影响。
②电泳缓冲液 缓冲液的pH值及浓度对电渗的影响很大，进而对分离产生影响。
③电压 毛细管电泳的电压包括进样电压和操作电压，它们对分辨率及操作时间都有影响。
④电泳温度 当电流通过毛细管时，会产生热量，使毛细管温度升高，导致物理参数发生改变，造成样品迁移时间、峰面积出现偏差，分离效率下降。