轰轰烈烈的欧洲宗教改革于1517年10月31日在德国拉开了序幕。在那天，莱比锡大学的神学教授马丁·路德在维腾贝格宫城教堂门上张贴了著名的“九十五条论纲”，向罗马教皇的权威提出了公开的挑战。此后100年间，路德宗、加尔文宗、安立甘宗（英国国教）、再洗礼宗、卫理会等新教宗派层出不穷，英国、瑞典、丹麦、荷兰、瑞士和大部分德意志诸侯先后投入新教阵营，宗教战争的硝烟在欧洲各个角落不停地燃烧着。新教徒们建立了世界上第一个资产阶级共和国——联省共和国，在德意志确立了“教随国定”的原则，在法国也取得了合法地位。到1618年，天主教徒和新教徒形成南北对立之势，德意志（包括奥地利、捷克、摩拉维亚等）则成为双方争夺的主战场。双方都不满足于现在的局面，宗教斗争又与大国争霸的斗争混合在一起，于是便导致了规模空前的欧洲宗教战争——“三十年战争”。
在宗教改革中，哈布斯堡王室始终是天主教反改革势力的急先锋。哈布斯堡王室在当时兼有神圣罗马帝国皇帝（奥地利皇帝）、西班牙国王、西西里国王等多个王位，还统治着西属尼德兰（比利时）、摩拉维亚、威尼斯、伦巴第等附属国，并在美洲、亚洲拥有广阔的殖民地，可以说是半个世界的统治者。哈布斯堡家不仅对新教徒步步进逼，还对天主教的法国形成包围之势（西属尼德兰、奥地利和西班牙正好形成一个包围圈）；它不仅想消灭新教改革势力，还想削弱欧洲其它大国的势力，成为全世界唯一的霸主。同样野心勃勃的法国当然容不下哈布斯堡王室，它抛下宗教隔阂，毅然投向新教徒这边。于是以宗教冲突开始的三十年战争，最终演变西欧两个天主教大国的争霸。
1618年，神圣罗马帝国皇帝、哈布斯堡王朝的斐迪南二世指定他的弟弟、天主教徒斐迪南大公为捷克国王。捷克的新教徒群情激昂，于5月23日发动布拉格起义，推举新教联盟首领、普法尔茨选侯弗里德里希为捷克国王，三十年战争正式开始。奥地利、西班牙及德意志天主教诸侯组成哈布斯堡联盟（天主教联盟），而法国、丹麦、瑞典、荷兰及德意志新教诸侯也组成了反哈布斯堡同盟（新教联盟），英国和俄国也站在新教徒这边。战争初期新教联盟一度连战连捷，但很快便在1620年的白山战役中彻底失败，哈布斯堡王室的天主教徒还是登上了捷克王位。
面对严峻的局势，英国、荷兰、法国共同支持丹麦于1625年进军德意志，与德国新教诸侯一起大败哈布斯堡军，英军也进占了捷克西部。在关键时刻，皇帝斐迪南二世起用德国贵族华伦斯坦为陆军主帅（其实此时奥地利陆军已不复存在）。华伦斯坦依靠西属尼德兰的经济援助，在短时间内重建了一支以雇佣军为主的陆军，并凭借高超的指挥艺术先后击败英国和丹麦军队，甚至杀入丹麦领土，迫使丹麦签约保证不再干涉德意志事务。哈布斯堡王室不仅解除了危机，还大大扩张了势力，使新教联盟的处境更为艰难。但立下大功的华伦斯坦鼓吹由哈布斯堡王室统一德意志，又引起了斐迪南二世的猜疑，很快被“鸟尽弓藏”。
华伦斯坦刚下台，新教联盟又前仆后继地发起了攻势。法国首相黎塞留以每年100万金币的捐助为代价，引诱瑞典国王古斯塔夫二世于1630年率军在德意志登陆，联合萨克森、勃兰登堡（即后来的普鲁士）等新教诸侯直指哈布斯堡王室的心脏。瑞典拥有当时装备最精良、最训练有素的陆军，他们的统帅古斯塔夫更是一个军事天才。斐迪南二世任命的陆军统帅蒂利连战连败，使天主教联盟军遭到毁灭性打击。于是皇帝只得重新起用古斯塔夫。在1632年的吕岑会战中，古斯塔夫击败华伦斯坦，但他本人却在战争中阵亡，组成一个以瑞典为首的新教阵营的希望也化为泡影。此后华伦斯坦连续击败瑞典军队，迫使其退往北方；德意志最大的新教诸侯萨克森和勃兰登堡被迫于1635年签署《布拉格条约》，屈服于哈布斯堡王室的权威之下。而两立大功的华伦斯坦却再次受到猜疑，被皇帝派出的刺客暗杀。
战争进行了近20年，以哈布斯堡王室挂帅的天主教同盟反而越来越强大，几个新教大国也先后败下阵来。如果任局势如此发展下去，欧洲宗教改革有失败的危险，德意志可能会被哈布斯堡王室统一，英国、法国也会遭到重创，荷兰、瑞士、丹麦等新教国家的独立都很难保证。1639年，斐迪南二世去世，查理即位为神圣罗马帝国皇帝。法国彻底撕掉中立的面纱，在西班牙、西属尼德兰、德意志、意大利等多个方向向哈布斯堡王室发动猛攻。留在德意志北部的瑞典军队也重新南进。天主教联盟终于显出疲态，西班牙的哈布斯堡王室于1643年败给法国。此后法国将主力开进德意志南部的士瓦本和巴伐利亚，瑞典军也进入巴伐利亚。双方都采取了烧杀抢掠、切断对方补给线等策略，给德意志人民造成了深重灾难。1648年5月，法瑞联军又取得重大胜利。曾经一再渡过难关的哈布斯堡王室终于无力再战，于1648年10月在《威斯特伐利亚和约》上签字，三十年战争终于结束。
三十年战争确立了新教与天主教的平等地位，并通过法律承认了荷兰、瑞士两个新教国家的独立。法国变得更加强大，哈布斯堡王室的奥地利、西班牙遍体鳞伤，德意志遭到非常严重的破坏，瑞典、丹麦争夺欧洲霸权的努力失败。经过三十年的大绞杀，新教徒和天主教徒的版图几乎没有任何变化，唯一可以肯定的是：没有任何一方有能力统治整个欧洲了。当时的新教和天主教一样严酷而不宽容，是三十年战争使大家意识到自己无法将意志强加于所有人头上。宗教宽容和思想自由得到了一定程度的承认，各个教派之间剑拔弩张的局面得到了缓解。但其间也出现了不和谐的音调：1685年，法王路易十四宣布废除象征宗教宽容的《南特敕令》，禁止法国新教徒的宗教活动。为了反抗宗教压迫，许多法国新教徒纷纷出走，法国平白损失了大量精英。但仍有许多新教徒在法国一直坚持到大革命时期，并成为法国大革命的主力之一。
自三十年战争之后，欧洲天主教和新教之间的斗争渐渐减少，虽然余波未绝，却难改大势。宗教改革的后续战场转移到英国，“清教徒运动”成为17世纪最重大的宗教政治事件。清教徒们坚决要求肃清英国的天主教残余，拒绝服从英王钦定的“英国国教”，积极地参与到现代资本主义的工商业中去。他们于1640年发动英国“清教徒革命”，一度建立清教徒的共和国。斯图亚特王朝复辟之后，英王再次迫害清教徒，宣扬天主教思想，出现了“托利党反动”时期。出于对天主教的共同厌恶，清教徒与英国国教徒联合于1688年发动了“光荣革命”，迎荷兰执政威廉为英国国王。此后英国又通过了《权利法案》，限制了国王权利，确保了宗教自由，清教徒在英国的合法地位得到承认。而欧洲大陆的宗教布局，从此也没有发生明显的变化。轰轰烈烈的欧洲宗教改革到这里就全部胜利结束了。
欧洲宗教改革还带来了另一个意想不到的成果：1620年为反抗宗教压迫而逃往北美的清教徒，在大洋彼岸建立了自己的家园。100多年后，他们震惊了世界，并不断发展壮大，成为当今世界上最强大的国家，以及世界和平与自由的中流砥柱。
