中华民国非常大总统是孙中山在广州于1921年5月5日与1922年6月16日第二次护法时的职任名称。
中华民国第一届国会是1912年10月产生的，在这一届国会中最强大的力量是国民党。法定这届国会的任期是六年。1913年因宋教仁遇刺，引发二次革命，之後袁世凯下令解散国民党，并剥夺国民党会员的会员资格。袁死后，国会恢复，但当时的政治大权全部集中在各省的督军和国务总理段祺瑞手中。1917年大多数督军希望在第一次世界大战中对德国宣战，国会意见不一，但比较倾向于保持中立。段祺瑞和其他督军组织督军团要挟和逼迫国会。中华民国总统黎元洪借此机会免去段职。为了稳定北京的局势，黎决定叫张勋入京。张勋复辟失败和段祺瑞重返北京后，国会已经陷入停止工作的状态。孙中山此时在广州打起护法的旗号，呼吁原国会议员南下广州组成新政府。他认为北京政府此时已经明显违背了中华民国约法，成为一个不法政府。孙中山的呼吁受到许多国会会员的响应，纷纷来到广州。
与此同时，段祺瑞在北京组织了第二届国会，其成员主要是段的党人。孙中山不承认这个国会的合法性，因为许多省份没有参加国会选举，而且在选举过程中明显有作弊现象。当时无法进行全国性的国会选举，因此他认为第一届国会依然在任。其成员在1917年8月广州召开国会，被称为“非常国会”，孙并被当选为“大元帅”。
1918年5月,非常国会通过改组，以七总裁取代大元帅，孙中山在护法政府内实际上被架空，於是辞职离去。至1920年中，陈炯明成功驱逐广州之桂系及滇系，孙中山回粤。因为广州的护法军政府对在北京的北洋政府相比有一个明显的缺陷，就是它得不到国际的承认。为了表示北洋政府不是代表全中国的政府，他决定让非常国会在广州选举一个大总统，以与在北京的徐世昌抗衡。1921年4月4日，他邀请在穗的非常国会会员并对他们表示，假如他们不尽快选举一个大总统的话，他就将他去。4月7日非常国会会员共222人选举总统，孙得218票，陈炯明得3票，1票无效。5月5日，孙中山当任大总统职，称自己为非常大总统，以表示其总统职的来源不是正规的。孙当选后向国内外分别发表声明，并写公开信给徐世昌劝他自动离职。同时孙发表他的新政府的人事名单：
外交部长伍廷芳
次长伍朝枢
财政部长唐绍仪
次长廖仲恺
陆军部长陈炯明
内政部长陈炯明兼
海军部长汤廷光
参谋部长李烈钧
秘书长马君武
总参议兼文官长胡汉民
政治部长胡汉民
唐绍仪和陈炯明都不肯到任，由此可见当时孙在广州的政府内部是非常不稳定的。
1922年6月16日清晨，陈炯明与孙中山意见不合，命令洪兆麟攻击总统府，孙中山被迫离开广州，首先逃到珠江上的楚豫舰。后来看到短期无望收复广州后，经香港赴上海，由此非常大总统一职就停止了。
1923年2月21日孙中山返回广州时，没有再使用中华民国非常大总统的职称。
