曹毓瑛（？—1866）字琢如，江苏江阴人，清朝大臣。道光十七年拔贡，授兵部七品小京官，迁主事，充军机章京。二十三年，举顺天乡试，再迁郎中。
咸丰十年，擢鸿胪寺少卿。时江南大营溃，总督何桂清弃常州，苏、常相继陷。毓瑛疏陈军事，略曰：“拯溺救焚，其事宜急而不宜缓。捣虚批亢，其事宜合而不宜分。臣前读都兴阿奏，拟自英山由豫境绕赴徐、宿，以达江北，而曾国藩通筹方略，拟分三路进剿，俟八月大举。窃谓都兴阿由豫境以达江北，程途纡远，非两月不能到。浙江自萧翰庆阵亡，江长贵自平望退守，锐气尽消。以屡溃之孱兵，御剽悍之勍贼，待至八月，松、太、杭、嘉、湖诸郡势将瓦解，蔓延愈广，规复愈难。为今计者，都兴阿宜自英、霍取道临、凤以抵江北，不过旬日，即由通、泰渡江，直抵江阴，进攻常州、无锡为一路，而以周沐润所募沙勇副之；镇江现有兵万馀，巴栋阿、冯子材、向奎进规丹阳为一路；薛焕在上海增募勇丁万人，由嘉定、太仓、昆山进攻苏州为一路，而命张玉良出嘉兴、平望以副之；曾国藩率楚师由宁国取道广德，进抵嘉、湖为一路，策应诸军，而令米兴朝攻宜兴、溧阳，周天受攻高淳、东坝，曾秉忠督长龙船入太湖以副之。攻贼之所必救，据贼之所必争。俟曾国藩新募勇至，然后分路进剿，庶於事有济。”
英、法两国合兵犯京师，上幸热河，军书旁午，枢臣未全从，上命择章京资深才优者佐诸大臣办事。毓瑛在直久，诸大臣欲举以应，固辞，遂越次用焦祐瀛。十一年，穆宗即位，诸大臣皆谴罢，乃命毓瑛在军机大臣上学习行走，迁顺天府丞。同治元年，迁大理寺卿，授军机大臣。二年，擢工部侍郎，调兵部。三年，江南平，加头品顶戴，赐花翎，署兵部尚书。四年，擢左都御史，寻授兵部尚书。五年，卒，赠太子少保，谥恭悫。
方端华、肃顺擅政，毓瑛独不附。及佐枢政，廉慎勿懈，每谓：“军旅大事，患在信任不专，事权不一。古来良将，率以掣肘不能成功。”时以为名言云。
