1999年12月，株式会社第一劝业银行、株式会社富士银行、株式会社日本兴业银行缔结三行全面联合重组协议，次年即2000年9月瑞穗控股公司正式宣布成立，这两个标志性事件是瑞穗实业银行发展史上最需要首先标明的分水岭。
2002年4月，通过公司分立、合并的方式，将三行联合重组为瑞穗银行和瑞穗实业银行，瑞穗证券公司、瑞穗信托银行成为瑞穗控股公司的直属子公司。
梳理新银行的传承轨迹，是一件比较复杂的工作。瑞穗实业银行分支机构的对外宣传材料，由位于东京的总行统一制作，并且都“使用100％废纸再利用纸张和环保大豆油墨印刷而成”，这或许也反映了集团内一致的企业文化。
从瑞穗实业银行提供的材料看，该行把中国相关业务的沿革分为联合重组前后两部分，最早追溯的事件是1979年7月，开始举办中国产业金融研修班。该行称，这是“以中国政府机关、金融界人士为对象的产业、金融研修班，学习内容为亚洲、日本的经济、产业、金融等宏观经济分析与风险管理、企业审查、不良债权处理、新金融商品介绍等微观经济的专门讲座，其他还安排参观日本的先进企业等”。此后，瑞穗实业银行在华发展轨迹逐渐清晰。
1981年9月，开设北京代表处。
1982年12月，开设上海代表处。
1984年3月，开设广州代表处。
1985年4月，开设大连代表处。
同年10月，开设深圳代表处。
1987年4月，深圳分行开业。
1991年8月，上海分行开业。
1992年1月，开设厦门代表处。
同年11月，大连分行开业。
1995年7月，开设天津代表处。
同年12月，开设武汉代表处。
1996年3月，北京分行开业。
同年4月，开设南京代表处。
1997年3月，上海分行开始经营人民币业务。
2000年4月，深圳分行开始经营人民币业务。
2002年7月，重组后的瑞穗实业银行设置中国业务促进部，“以支持日本企业的对华投资、积累并提供有关中国的信息、促进与中国有关机构的交流”。
同年8月，整合在中国内地网点为4家分行（北京、大连、上海、深圳）和5个代表处（天津、南京、武汉、广州、厦门）。
同年9月，大连分行开始经营人民币业务。与上海外高桥保税区签订投资业务合作协议。与中国四大商业银行（中国工商银行、中国银行、中国建设银行、中国农业银行）签订全面合作协议。
同年10月，与交通银行签订全面合作协议。
2003年2月，与大连市签订全面业务合作协议。
同年3月，与无锡市签订全面业务合作协议。
