贯彻执行国家有关水利工作的法律法规和方针政策，结合我省实际，拟定全省水利工作的方针政策、发展战略和中长期规划，组织起草有关法规，经批准后监督实施。
统一管理全省水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定全省和跨市（地）水中长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布全省水资源公报；负责管理全省水文工作。
拟定节约用水政策，编制节约用水规划，制定有关标准，组织、指导和监督全省节约用水工作。
按照国家和省有关资源与环境保护的法律、法规和标准，拟定水资源保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测江河湖库的水量、水质，审定水域纳污能力；提出限制排污总量的意见。
组织、指导水政监察和水行政执法；协调并仲裁部门间和市（地）间的水事纠纷。
拟定水利行业的经济调节措施；对水利资金的使用进行宏观调节；指导水利行业的供水、水电及多种经营工作；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。
编制、审查综合利用的大中型水利工程的项目建议书、可行性研究报告和初步设计文件，并按国家规定的基本建设程序办理审批手续；组织重大水利科学研究和技术推广；组织实施水利行业技术质量标准和水利工程的规程、规范并监督实施。
组织、指导全省水利设施、水域及其岸线的管理与保护；组织指导主要江河、河口的治理和开发，负责海岸滩涂的围垦工作和海堤建设与管理工作；办理跨省河流协调事务；在职责范围内对全省水利建设工程进行管理。组织建设、指导和管理具有控制性的或跨市（地）的重要水利工程；组织、指导水库、电站大坝的安全监管。
指导农村水利工作；组织协调农田水利基本建设，指导乡镇供水和农村节水工作。
组织全省水土保持工作。研究制定水土保持的工程措施规划，组织水土流失的监测和综合防治。
指导全省水利队伍的建设；负责全省水利方面的科技和外经、外事工作。
指导全省水利行业的水电工作，组织协调农村水电电气化工作。
承担福建省人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作，组织、协调、监督、指导全省防洪工作，对主要江河和重要水利水电工程实施防汛抗旱调度。
承办省政府交办的其他事项。
