黄河流域水资源保护局是水利部、国家环境保护局双重领导的负责黄河流域水资源保护且具有行政职能的事业单位，也是黄河水利委员会的直属机构，人、财、物统一由黄河水利委员会负责管理。
黄河流域水资源保护局的前身，是根据《国务院环境保护领导小组、水利电力部关于迅速成立黄河水源保护管理机构的意见》（[75]水电环字第3号）精神，于1975年6月由水利电力部批准黄委会建立的黄河水源保护办公室（[75]水电环字第12号）。1983年5月，城乡建设环境保护部、水利电力部决定对流域水源保护机构实行双重领导，以水利电力部为主的体制，并明确了流域水源保护机构的6项任务（[83]城环字第279号）。1984年3月，黄河水源保护办公室更名为水利电力部、城乡建设环境保护部黄河水资源保护办公室（[84]水电劳字第2号文）。1987年10月，水利电力部、国家环保局下发了《关于进一步贯彻水电部、建设部对流域水资源保护机构实行双重领导的决定的通知》（[87]水电水资字第20号），重申在国务院机构变动后，由水利电力部、国家环保局对流域水资源保护局（办）实行双重领导。1991年3月，水利电力部、城乡建设环境保护部黄河水资源保护局更名为水利部、国家环境保护局黄河流域水资源保护局（水人劳[1991]18号），其主要职能、任务及隶属关系、管理体制不变。
目前在职职工总数214人（局机关42人），技术干部167人，其中教授级高级工程师4人，高级工程师38人，工程师81人。
职责任务
（一）负责《水法》、《水污染防治法》等法律、法规的贯彻实施；拟订黄河流域水资源保护、水污染防治等政策和规章制度并组织实施；指导流域内水资源保护工作。
（二）组织黄河流域水功能区的划分。按照有关规定，对流域水功能区实施监督管理。
（三）组织编制流域水资源保护规划并监督实施；指导和协调流域各省（自治区）水资源保护规划的编制。负责编制流域内水资源保护中央投资计划并监督实施。
（四）根据授权，审查水域纳污能力，提出限制排污总量意见并监督实施。负责发布黄河流域水资源质量状况公报。
（五）负责流域内重大建设项目的水资源保护论证的审查。负责取水许可的水质管理工作。
（六）根据流域水资源保护和水功能区统一管理要求，指导、协调流域内的水质监测工作；负责拟订流域水环境监测规范、规程、技术方法和省界水体水环境质量标准。
（七）开展流域水污染联防；协调流域内省际水污染纠纷，调查重大水污染事件，并提出处理意见。
（八）负责黄河水资源保护管理的现代化建设。组织开展水资源保护科研成果的应用和国际交流与合作。
（九）按照规定或授权，负责管理范围内水资源保护国有资产监管和运营；负责黄河水资源保护资金的使用、检查和监督。
（十）完成上级交办的其他工作。
