甲藻门（Pyrrophyta）藻类植物的一门。多数为具双鞭毛的单细胞个体，常有纤维素的细脑壁，壁上有花纹，少数种类裸露无壁，呈三角形、球形、针形，前后或左右略扁，前、后端常有突出的角。细胞核大，有核仁和核内体。细胞质中有大液泡，有的有眼点。载色体金褐色，有一个或多个，含叶绿素a、c，和多量的类胡萝卜素、硅甲黄素、甲藻黄素、新甲藻黄素及环甲藻黄素；少数种类无色，腐生或寄生。贮藏食物为淀粉或油类。繁殖方法为分裂和产生孢子，有性生殖极少见。分布于池塘、湖泊和海洋中。多数甲藻对光照强度和水温范围要求严格，在适宜的光照和水温条件下，甲藻在短期内大量繁殖，造成海洋“赤潮”。生活在淡水中的甲藻喜在偏酸性水中生活。水中含腐殖质酸时，常有甲藻存在。有的也在硬度大、碱性水中生活。除少数种类外，为鱼类能消化的食料。利用某些甲藻晚上发光的特性以探索和追踪鱼群，已在海洋渔业生产上受到重视。 甲藻是重要的浮游藻类之一，甲藻死后沉在海底形成生油地层中的主要化石。
甲藻的代表属有多甲藻属（Peridinium）、角甲藻属（Cerctium）和裸甲藻属（Gymnodinium）。
