厦门音乐学校前身是鼓浪屿人民小学音乐实验班。音乐学校于1990年正式开学。该校是一所音乐特色鲜明、音乐课与文化课并重的全日制学校。音乐专业设置主要有钢琴、小提琴、大提琴、合唱、合奏、齐奏等课程，也学习视唱练耳、民歌、乐理等基础课。
该校在校学生200多人，分中学部与小学部。该校从国内引进一批实力雄厚的优秀教师任教。我国著名音乐界老前辈贺绿汀、市政协主席蔡望怀任名誉校长，著名小提琴演奏家、教育家郑石生任校长，著名钢琴家徐荣芹、市艺教委主任郑炳忠任学校顾问，殷承典担任常务副校长，小提琴演奏家吴佩茹副教授出任校长助理。
创办以来，该校学生先后在市、省、全国各项音乐比赛中共夺得13个一等奖；在1994年第2届全国青少年小提琴比赛中有9名学生获奖；1995年参加第3届全国青少年小提琴比赛又有5名学生获奖。曾出访日本、香港等国家与地区演出。美国、英国、日本、新加坡、菲律宾、香港、台湾以及省内外的10多家报社、电视台，或买加及港澳台等国家与地区的文化艺术教育代表团，曾到校参观访问。学校每年还为省内及上海、北京音乐院输送人才。
该校文艺演出队经常参加鼓浪屿区、厦门市的一些外事演出与文艺演出。
1998年秋季，在市政府、市教育局的重视下，学校新校舍落成，教学大楼形同凌空而起的巨型三角钢琴。按声乐原理装修的琴房、专用教室、校园网以及图书馆、电教室、微机房、实验室等现代设备一应俱全，还有了标准的现代化音乐厅。如今，旧貌变新颜，时任市政协主席蔡望怀还亲自题写校名。
98年1月，学校不仅有小学部、中学部，并设有中专部。目前，学校已发展到20个班，近500多位学生。音乐专业课也扩大了范围，开设有钢琴、弦乐（小提琴、大提琴、倍大提琴），管乐（长笛、双簧管、单簧管、小号、圆号、长号）、民乐（二胡、琵琶、扬琴、古筝）、声乐等。
前几任校长已调动、退休，目前，著名音乐家、钢琴教育家候？？任校长，刘佩珍为支部书记，许吉成被任命为副校长。
学校的奋进与成就倍受中央、省、市领导与中外友人的关注，国家领导人胡锦涛、原国务院总理朱镕基，都观看过学生的演奏，倍加赞赏。
