复层扁平上皮的细胞层次较多，仅表层的细胞为扁平状，故称复层扁平上皮。位于最深层的基底细胞为矮柱状或立方形，基底细胞通过有丝分裂增生新的细胞，不断补充表层脱落的细胞。位于中间的数层细胞为多角形，细胞具有棘状胞质小突，与邻近细胞的小突通过桥粒彼此接合，构成细胞间桥，从中间细胞层移向表层，细胞形状由梭形逐渐变为扁平状。
分布在皮肤表皮的复层扁平上皮，表面的数层细胞角化形成角化层，对摩擦和损伤的耐受力很强；分布在口腔、食管、阴道粘膜的复层扁平上皮，其表层细胞不角化。
复层扁平上皮实验复层扁平上皮：65号切片
猪食管横切片，Bouin氏液固定，石蜡切片，HE 染色。
先用低倍镜找到食管的管腔，管腔面有厚薄不同的粘膜上皮，选择一部分比较薄的粘膜上皮换成高倍镜观察。
移动切片，找到上皮与结缔组织交界处，可见到最基层的上皮细胞多呈矮柱状，排列较整齐，核为长椭圆形。中部的细胞为多边形，核为圆形或椭圆形，近表层的细胞逐渐变扁，呈梭形或扁平，细胞也趋于角质化，核深染、固缩。表层细胞常完全角质化，胞核消失。
