《原住民族与台湾政府新的伙伴关系条约》最初是在1999年台湾“总统”大选期间，由原运人士组织各族代表与当时的“总统候选人”陈水扁於兰屿所共同签订的历史性文件，内容包括七大项∶
承认台湾原住民族之自然主权；
推动原住民族自治；
与台湾原住民族缔结土地条约；
恢复原住民族部落及山川传统名称；
恢复部落及民族传统领域土地；
恢复传统自然资源之使用、促进民族自主发展；
原住民族国会议员回归民族代表
此一「新伙伴关系条约」在陈水扁当选之後虽成为民进党政府在原住民相关政策的指导方针，但由于「条约」签订当时陈水扁仍未具有“国家元首”身份，因此其法律效力遭受质疑。至2002年10月19日，陈水扁方以“总统”身份，透过原住民各族传统的缔约仪式，代表政府与原住民族完成「新伙伴关系协定」再肯认的仪式，为该条约的签署提供更实质的效力。